药物设计学_QSAR-wj.ppt

中国科学院计算机化学开放实验室中国科学院上海有机化学研究所 16/hxwzdh.htm 美国加州大学洛杉矶分校(UCLA)化学和生物化学系 /chempointers.html 从该网站提供的链接, 可以很快找到大量的化学信息. 在化学信息数据库中, 化学结构数据库占有很大的比例。如果熟悉这些网站或数据库，不必使用搜索引擎就可直接链接。本节摘要介绍，以供参考。 化学结构数据库 美国国家标准与技术研究院（NIST）开发: Chemistry WebBook /chemistry/ 印第安纳大学分子结构中心 / 晶体结构和分子图来源 中国科学院计算机化学开放实验室 16/molinformatics.htm 曼彻斯特大学-结构化学部 http://spec.ch.man.ac.uk/Structural_Chemistry.html Ponder实验室WWW服务器 / 主要内容为计算化学与分子模型 维也纳大学-理论化学学院 http://www.itc.univie.ac.at/ 辛辛那提大学-OBR计算机辅助分子设计中心 乔治亚大学-计算量子化学中心 / 国际晶体学联合会 http://www.iucr.ac.uk/ 剑桥晶体结构数据中心 http://www.ccdc.cam.ac.uk 布鲁克海文蛋白质数据库 /pdb/ 蛋白质、DNA、RNA、病毒、碳水化合物等生物大分子的3D结构数据库，含原子坐标、一级序列与二级结构信息、晶体结构因子和2D –NMR数据. 美国矿物学家晶体结构数据库/xtal-cgi/test 矿物结构数据库 http://database.iem.ac.ru/mincryst/search.php3 矿物的晶体结构参数和衍射资料，可由化学式首字母、晶体结构等检索. 矿物数据库/ * Molecular structure activity/ property Variables Representation Model building Activity/Property = f (Structure) * Molecular Structure 1D 3D 2D . . · · · · · · · · · · · · . . . . . . . . C C C C C C C C C C C C C l C l C l C l H H H H H H Cl Cl Cl Cl Cl Cl Cl Cl H H H H H H * Variables (Molecular descriptor) 化学结构的数值表示 分子描述符 经验参数 理论计算参数 * 经验参数 立体参数 电性参数 经验参数 疏水性参数 * 一维(结构的线性表示, 将化合物的结构图转化成计算机容易识别和搜索的字符串, WLN) 二维(如连接表, 容易表示分子的拓扑特征) 三维(可以表达空间结构) 其他 理论描述符的计算 * 1 D descriptors - Constitutional descriptors number of atoms absolute and relative numbers of C, H, O, S, N, F, Cl, Br, I, P atoms number of bonds (single, double, triple and aromatic bonds) number of benzene rings, number of benzene rings divided by the number of atoms molecular weight and average atomic weight number of rotatable bonds (All terminal H atoms are ignored) Hbond acceptor - Number of hydrogen bond acceptors Hbond donor - Number of hydrogen bond donors These simple descriptors reflect only the molecular composition of the compound without using the geometry or electronic structur