引物设计材料.pptVIP

引物设计 自从1985年美国PE-Cetus公司人类遗传研究室的Mullis等发明了具有划时代意义的聚合酶链式反应(polymerase chain reaction，PCR)以来，PCR技术因具有特异、灵敏、产率高、快速、简便、重复性好、易自动化等突出优点，很快得到了广泛的应用。目前，PCR已经成为分子生物学领域最基本、最重要的技术手段之一。引物设计是PCR技术中至关重要的一环，寻找一对合适的核苷酸片段作为引物，使其有效地从模板DNA序列扩增目的片段，是PCR反应成功的保障。 (1)序列查找和下载。根据拟扩增的基因名称或序列号，在GenBank数据库或其他相关数据库中查找有关核酸序列，然后将其下载。 (2)序列同源性比较。同源性比较主要有两种方法：一是利用在线的NCBI或其他数据库中的BLAST分析工具进行比较，可将第一步查找得到的一条核酸序列与序列数据库中所有相关序列进行比较、(http://BLAST./)，在结果中可以看到所有相关序列(包括同一物种或不同物种、不同长度的同源序列)比较的情况，另外也可利用在线程序(http://BLAST./BLAST/b12seq/wBLAST2.cgi)进行序列之间的两两比较；二是可以将查找得到的相关序列利用OMIGA、PCGENE、DNAMAN等软件进行两两比对或多重序列比较。通过同源性比较，我们可以获知目的基因中高度保守