第七章生物质谱技术资料.ppt

生物质谱的两种软电离技术 基质的作用： 吸收了激光的大部分能量并气化，同时将样品分子带入气相, 样品分子只吸收少量激光能量，避免了分子化学键的断裂。基质在样品离子形成过程中充当了质子化或去质子化试剂，使样品分子带上正电荷或负电荷。 2、线性飞行时间质量检测器 (liner-TOF) 由 E=U·z=1/2mv2 和 t=L/V 推出 t=const· m/v （飞行时间与质荷比的平方根成正比） E：离子在加速电场获得的动能; U：加速电场电压 z：离子所带电荷; m：离子质量 v：离子飞行速度; L：飞行管道长度 t：离子飞行时间; const：常数 质量分析范围：500Da---100KDa ESI-MS谱图（ESI-Q-TOF MS谱图） 电喷雾电离产生多电荷峰，质谱图显示离子带不同电荷数的一系列质荷比峰[M+nH]n+，根据这些峰值换算出离子电荷和分子质量。 检测范围大于质量扫描范围 串联质谱 (MS/MS) 由离子源、多级质量分析器、碰撞室组成。 第一级质量分析器起质量过滤器的作用，从总离子谱中挑选出需进一步进行结构分析的母离子(precursor or parent ion)进入碰撞室， 母离子在碰撞室内经高流速惰性气体碰撞诱导离解(collision induced desorption，CID)产生碎片离子/子离子(product or daughter ion)， 第二级质量分析器分析子离子的质荷比。 研究母离子的裂解规律，获得母离子的结构信息。 ?与LC连接，分析混合物 ?极高的灵敏度 ?软电离方式基本不产生碎片离子 ?孔电压调节可以控制碎片离子的产生 ?使样品带多电荷，可以分析大分子量的物质 The Ion Trap Mass Spectrometer The Ion Trap Principle 肽质量指纹谱数据 （Peptide Mass Fingerprinting，PMF） 串联质谱数据 源后衰变离子数据 （Post Source Decay ，PSD-MALDI） 电喷雾串联质谱数据 （ESI-MS/MS，碎片离子质量列表，肽段部分序列） 从质谱途径鉴定蛋白质需要从实验数据到氨基酸序列相关分析的辅助 用于鉴定蛋白质的生物质谱数据 鉴定数据库中已有序列的蛋白质的软件算法(algorithms)基于以下一些理念----以PMF为例 肽段是由切点专一的试剂水解蛋白质产生的，通常用已知切点专一的蛋白酶。 这些肽段的质量由MALDI-MS或ESI-MS精确测定。 计算蛋白质序列数据库中的每一序列被实验中所用水解试剂水解后产生的理论肽段的质量。 实验测得的肽质量值与数据库中的肽质量计算值进行相关性比较，将相关性最好的结果排序计算得分或排序值。 肽段串联质谱碎片离子质量数据(peak list)检索 计算数据库中每一个序列在给定的酶切条件下产生的肽段质量数。 找出每一个与实验测得质量数一致的肽段，产生其理论碎片离子列表。 实验测得的碎片离子质量数与理论碎片离子质量数计算值进行相关性比较。 将匹配最好的结果排序，或仅列出有显著相关的结果(匹配的离子数目)。 蛋白质序列数据库 OWL is a non-redundant composite of four publicly-available primary sources: SWISS-PROT, PIR (1-3), GenBank (translation) and NRL-3D. NCBInr is a composite, non-redundant protein database compiled by NCBI for use with their search tools BLAST and Entrez. The entries have been compiled from GenBank CDS translations, PIR, SWISS-PROT, PRF, and PDB. dbEST is the division of GenBank that contains single-pass cDNA sequences, or Expressed Sequence Tags, from a number of organisms. This is a nucleic acid database which is translated by Mascot in all six reading frames. SWISS-PROT and TrEMBL SWISS-PROT a h