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生物信息学Bioinformatics;初步计划讲授内容;参考书籍;网上资源;生物信息学概述;什么是生物信息学：;生物信息学？－－新兴的交叉学科;生物信息学的学习人员： 1）学习生物信息学是为了发展生物信息学 —— 计算机科学家 2）学习生物信息学是为了应用生物信息学 —— 生物学家 我们属于……;Bioinformatics in the Universe;生物信息学主要研究两种信息载体;DNA;(1)遗传信息的载体——DNA;(3) DNA分子和蛋白质分子都含有进化信息;?;第一部遗传密码已被破译，但对密码的转录过程还不清楚，对大多数DNA非编码区域的功能还知之甚少 对于第二部密码，目前则只能用统计学的方法进行分析 无论是第一部遗传密码，还是第二部遗传密码，都隐藏在大量的生物分子数据之中。;生 物 分 子 信 息;生物分子数据 ;生物信息学的发展历史;20世纪50年代，生物信息学开始孕育 20世纪60年代，生物分子信息在概念上将计算生物学和计算机科学联系起来，是生物信息学形成雏形的阶段 1962 Zucherkandl和Pauling提出分子进化理论 1967 Dayhoff研制出蛋白质序列图集，后演变为著名的蛋白质信息源PIR 20世纪70年代，核酸测序技术成熟，开始了少量的基因组测序工作，标志着生物信息学的真正开端;20世纪70年代到80年代初期，出现了一系列著名的序列比较方法和生物信息分析方法 1970 Needleman-Wunsch提出序列比对算法 1970 Gibbs和McIntyre发表矩阵打点作图法 1972 Gatlin将信息论引入序列分析，证实自然的生物分子序列是高度非随机的 1977 出现将DNA序列翻译成蛋白质序列的算法。 1975 Pipas和McMahon首先提出运用计算机技术预测RNA二级结构 1978 Gingeras等研制出核酸序列中限制性酶切位点的识别软件 1981 Smith-Waterman算法出现 1981 Doolittle提出序列模式的概念 1983 Wilbur和Lipman提出序列数据库的搜索算法 1985 快速的蛋白质序列相似性搜索程序FASTP/FASTN发布 1988 Pearson和Lipman发表著名的序列比较算法FASTA ;20世纪80年代以后，出现一批生物信息服务机构和生物信息数据库 1982 GenBank数据库(Release3)公开 1986 日本核酸序列数据库DDBJ诞生 1986 出现蛋白质数据库SWISS-PROT 1988 美国国家生物技术信息中心NCBI创立 1988 成立欧洲分子生物学网络（EMBnet），专门发布各种生物数据库;20世纪90年代后，HGP促进生物信息学的迅速发展，标志工作是人类基因组测序，基因寻找和识别等。 1986 “基因组学”概念产生，研究基因组的作图、测序和分析 1990国际人类基因组计划启动 1993成立Sanger中心，专门从事基因组研究 1995第一个细菌基因组测序完成 1996酶母基因组测序完成 1998第一个多细胞生物——线虫基因组测序 1999果蝇基因组测序完成 2000人类基因组测序基本完成 2001人类基因组初步分析结果公布;;我国对人类基因组计划的贡献;人类基因组计划给生物信息学提出挑战;（3）后基因组时代（21世纪后至今）;Sanger, UK;大规模测序基本策略;A;基因组比较;蛋白质结构 ;基于生物信息学的新药设计;基因组 数据库 ;通过数据库搜索可以找到目的基因的相关信息 通过序列比较寻找同源基因;（3） 基因组序列分析 ;基因的相关信息;基因组结构分析;基因表达数据分析是目前生物信息学研究的热点和重点 。对基因表达数据的处理主要是进行聚类分析，将表达模式相似的基因聚为一类，在此基 础上寻找相关基因，分析基因的功能 。;蛋白质的生物功能由蛋白质的结构所决定 ，蛋白质结构预测成为了??蛋白质功能的重要途径。;生物结构的组成 蛋白质与蛋白质之间的相互关系;（6）生物信息分析的技术与方法研究 ;生物信息学的基本方法和前沿技术;认识生物本质 了解生物分子信息的组织和结构，破译基因组信息，阐明生物信息之间的关系。 改变生物学的研究方式 改变传统研究方式，引进现代信息学方法 在生命科学、农学、医学、食品、环境等领域具有重要意义，可能会引发新的产业革命;曼哈顿原子弹计划 (1942-46); 实验 数据 信息 知识 收集 表示 分析