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第二章 基因组;基因组：细胞或生物体全部的遗传物质 基因组学：研究基因组的结构与功能。 结构基因组学：以全部基因组测序为目标，研究基因、基 因组结构、基因作图和基因定位。 功能基因组学：以基因功能鉴定为目标，研究不同序列结 构的功能、基因的相互作用，基因表达及 调控。 ;一、人类基因组的特点 人类基因组包含30亿个碱基对. 人类基因组含3-3.5万个基因. 基因的编码序列仅占全基因组序列的3%. 存在多基因家族和超基因家族现象。 存在假基因现象。 50%DNA序列为重复序列。重复序列包括高度重复序列 (重复106)和中度重复序列 (重复10-105, 占人类 总基因35%)。卫星DNA和反向重复序列属高度重复序列。 7. 重复序列具有多态性。 ;C值;HGP于1990年正式启动，其主要目标有： 识别人类DNA中所有基因； 测定组成人类DNA的30亿碱基对的序列； 将这些信息储存到数据库中； 开发出有关数据分析工具; 人类基因组计划最终目的是测定基因组的全部序列，弄清整个基因组的结构、功能及其表达产物，彻底了解人类生命活动本质。 ;人类染色体;为什么选择人类的基因组进行研究？;HGP的主要任务;HGP的诞生;美国：WASH＆MIT等7家研究中心，贡献率为54％。 英国：SANGER一家研究中心，贡献率为33％。 日本：RIKEN等两家研究中心，贡献率为7％。 法国：GENOSCOPE研究中心，贡献率为2.8％。 德国：IMB等3家研究中心，贡献率为2.2％。 中国：北京华大研究中心、国家南北方基因研究中心 等三家，贡献率为1％。 ;二OOO年六月二十六日克林顿宣布人类基因草图绘制完成;基因数量少得惊人,只3.5万个. 人类基因组中存在“热点”和大片“荒漠”. 三分之一为“垃圾”DNA. 男性基因突变比例更高.; “人类基因组计划”大规模测定ＤＮＡ序列工作的完成，宣告“后基因组时代”的开始，功能基因组学和蛋白质组学研究成为新的生命科学前沿， ;三、单核苷酸多态性（SNP）及Hapmap;A C G T G T C G G T C T T A A A Maternal chromosome A C G T G T C C G T C T T A A A Paternal chromosome;1.SNP概念： 是指基因组序列中的单核苷酸（A,T,C或G）改变时发生的DNA序列多态性。 人类基因组平均每100-1000碱基就有一个SNP。 个体之间单核苷酸的差异在群体中的频率1%。 人类基因组中总共约1000万个，构成了人类遗传多样性的90%。;SNPs的分类;SNP的频率参数;SNP的来源;2. SNP的功能;SNP的遗传很稳定--每一代之间不会有太大变化。;4. SNP研究方法;;5.SNP数据库;* of 25;6.HapMap;HapMap计划建立了人类全基因组遗传多态图谱； 依据这张图谱我们可以进一步研究基因组的结构特点以及SNP位点在人群间的分布情况，为群体遗传学的研究提供数据，为遗传性疾病致病基因在基因组上的定位提供高密度的SNP位点。;HapMap的构建分为三个步骤： （a）在多个个体的DNA样品中鉴定单核苷酸多态性（SNPs）； （b）将群体中频率大于1%的那些共同遗传的相邻SNPs组合成单体型； （c）在单体型中找出用于识别这些单体型的标签SNPs。通过对图中的三个标签SNPs进行基因分型，可以确定每个个体拥有哪一个单体型。 ; 国际单体型图谱项目已经从来自数个不同人群测出超过百万个单核苷酸多态性。这次将初步工作的公布象征着单体型图谱工作的一个重大里程碑。项目旨在建立一个帮助研究者发现人类疾病及其对药物反应相关基因的公众资源。;大多数染色体区域只???少数几个常见的单体型(每个具有至少5%的频率)，它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。一个染色体区域可以有很多SNP位点，但是只用少数几个标签SNPs，就能够提供该区域内大多数的遗传多态模式。;HapMap Browser;单倍型推定的方法; 类风湿关节炎(rheumatoid arthritis，RA)是一种自我免疫疾病，临床表现为慢性、多滑膜关节炎，累及手足小关节。该病主要病理特征表现为关节滑膜慢性炎症，软骨及软骨下骨破坏，关节畸形和强直，最终功能障碍。;Genome-wide association studies (GWAS) 对类风湿性关节炎基因组DNA进行全基因组扫描