蛋白质结构要点.ppt

生 物 化 学 第二节 蛋白质的空间结构 一、肽 二、蛋白质的结构 三、蛋白质的结构与功能的关系 一、肽 肽(peptide)是指由两个或两个以上的氨基酸通过肽键连接而形成的化合物。 肽键（peptide bond）是一个氨基酸的羧基与另一个氨基酸的氨基脱去一分子水而形成的酰胺键。 （一）肽的结构和命名 肽链写法：游离α-氨基在左（N端、氨基端），游离α-羧基在右（C端、羧基端），氨基酸之间用“-” “.”表示肽键。 H2N-丝氨酸-缬氨酸-酪氨酸-天冬氨酸-谷氨酰氨-COOH Ser-Val-Tyr-Asp-Gln （S-V-Y-D-Q） 酰胺平面与α-碳原子的二面角 早在20世纪30年代，Pauling和Corey就开始用X-射线衍射方法研究了氨基酸和肽的结构，他们得到了重要的结论。 (1) 肽键的键长介于C-N单键和双键之间，具有部分双键的性质，不能自由旋转。 (2) 肽键中的四个原子和它相邻的两个α-碳原子处于同一平面，形成了酰胺平面，也称肽键平面。 (3) 在酰胺平面中C=0与N-H呈反式。 多肽主链上只有α碳原子连接的两个键（Cα—N和Cα-C）是单键，能自由旋转。 环绕Cα—N键旋转的角度为Φ 环绕Cα—C键旋转的角度为Ψ 多肽链的所有可能构象都能用Φ和Ψ这两个构象角来描述，称二面角。 （二）天然存在的活性肽 鹅肌肽、肌肽 ：抗氧化、抗衰老、促进伤口愈合 还原型谷胱甘肽 ：细胞内的氧化还原反应 吗啡肽：脑中，具有镇痛作用活性肽 蕈的剧毒毒素：α－鹅膏蕈碱 天然肽中含有蛋白质中不存在的γ-肽键、β-丙氨酸和D型氨基酸。 二、蛋白质的结构 一级结构(primary structure)：共价结构、蛋白质分子中氨基酸残基的排列顺序(含二硫键)。 蛋白质分子中的重要化学键 蛋白质分子的化学键可分为共价键和非共价键共 价 键：肽键、二硫键、酯键、配位键非共价键：氢键、离子键、疏水作用、范德华力等 氢键是两个极性基团之间的弱键，也就是一个偶极(dipole)的带正电荷的一端被另一偶极带负电荷的一端所吸引形成的键。 大多数蛋白质采取的折叠策略是使主链肽基之间形成最大数目的分子内氢键（如α-螺旋、β-折叠），同时保持大部分能成氢键的侧链处于蛋白质分子表面，与水相互作用。 范德华力是分子间的吸引力，是由于静电引力，对四级结构的形成有一定作用。 包括三种弱的作用力：定向效应????极性基团间诱导效应????极性与非极性基团间分散效应????非极性基团间 范德华力只有当两个非键合原子处于一定距离时才能达到最大。 疏水键是蛋白质分子中疏水性较强的一些氨基酸(如缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、苯丙氨酸等)的侧链避开水相自相粘附聚集在一起，形成孔穴，对维持蛋白质分子的稳定性起一定作用。 它在维持蛋白质的三级结构方面占有突出的地位。 离子键 它是正电荷与负电荷之间的一种静电相互作用。 生理pH下，Asp、Glu侧链解离成负离子，Ｌys、Arg、His离解成正离子。多数情况下，这些基团分布在球状蛋白质分子的表面，与水分子形成排列有序的水化层。偶尔有少数带相反电荷的侧链在分子的疏水内部形成盐键。 二硫键为1个半胱氨酸的SH基与同链或邻链另1个半胱氨酸的SH基氧化连接而成。 二级结构(secondary structure)：多肽链主链中各个肽段形成的规则的或无规则的构象。主要有α-螺旋、β折叠、β-转角、无规卷曲等。 三级结构(tertiary structure)：多肽链通过盘旋、折叠，形成紧密的借各种次级键维持的球状构象。 四级结构(quarternary structure)：具有二条或二条以上独立三级结构的多肽链组成的蛋白质，其多肽链间通过次级键相互组合而形成的空间结构。 一级结构（氨基酸顺序、共价结构、主链结构） ↓ 二级结构（α-螺旋、β折叠、β-转角、无规卷曲） ↓ 超二级结构 ↓ 结构域 ↓ 三级结构（球状结构） ↓ 四级结构（多亚基聚集体） 构象 (高级结构) 超二级结构（Supersecondary