多序列比较的实际应用.ppt

2.BLOCKS BLOCKS数据库利用了模块的概念，对蛋白质家族进行鉴定，而不是只依赖于单个的序列本身。模块的思想来源于更加普遍的概念—基序（motif），基序通常是指一段氨基酸序列保守的伸展，拥有一定的蛋白质功能或者结构。当这些来源于同一家族中的蛋白质中的基序比较时（不引入空位），其结果就是部件；部件就是指比较，而不是序列本身。很明显，任何一个独立的蛋白都可以包含一个或者更多个部件，对应于它的每一个功能和结构基序。 BLOCKS数据库本身来源于PROSITE的条目。当使用一个感兴趣的序列进行BLOCKS搜索时，查询序列就会同数据库中所有的部件在任何可能的位点进行比较，对于每一个比较都会使用位点特异分值矩阵或者PSSM进行打分。PSSM和这本书前面叙述的分值矩阵（例如BLOSUM62）的重大区别在于，其分值考虑到了在给定的位点是否拥有一个匹配以及一个给定氨基酸占据部件中的位点的可能性。所有基于这种形式的方法的核心思想都是观测残基占据比较蛋白质部件中的一个特异位点的几率， BLOCKS（/blocks/blocks_search.html）搜索可以通过访问西雅图的Fred Hutchinson肿瘤研究中心的BLOCKS主页完成，这个网点很直接，允许执行基于序列或者关键词的检索。如果用户在输入时使用了DNA序列，他就可以指明使用哪个遗传密码，搜索哪条链。不管执行搜索的是一个序列