第十章分子模拟.pptx

第十章计算化学软件计算机商业计算软件之介绍几种常用的计算软件介绍计算机计算的回顾与发展计算机商业计算软件之介绍?所有与化学有关的科研领域都有许多利用计算机成功模拟的研究。涉及领域广泛计算机商业计算软件之介绍优点?效能高；操作便利；具有丰富与清晰的动态图形显示功能，方便掌握所模拟系统的各种动态与静态的信息，利于计算结果的分析；计算机商业计算软件之介绍 目前流行最广的计算软件为美国的Accelrys公司所推出的各项产品。与计算化学及材料有关的计算软件主要为： Cerius2、Insight、Materials Studio等三种。?应用领域涵盖? 生命科学、药物设计、高分子聚集物、材料科学、固态化学、表面化学、光谱模拟、生物化学、生化分子结构分析计算机商业计算软件之介绍另外几种常用的计算软件：VASPGAUSSIANSIESTA计算机商业计算软件之介绍几种常用的计算软件介绍计算机计算的回顾与发展几种常用的计算软件介绍——Materials Studio Materials Studio：是专门为材料科学领域研究者开发的一款可运行在PC上的模拟软件。该软件能使任何研究者达到与世界一流研究部门相一致的材料模拟的能力。模拟的内容包括了催化剂、聚合物、固体及表面、晶体与衍射、化学反应等材料和化学研究领域的主要课题。几种常用的计算软件介绍——Materials Studio?Materials Studio所含有的模块分别为： Materials Visualizer； Amorphous Cell； CASTEP； COMPASS； Discover； ； Equilibria； Reflex； Reflex Plus； 几种常用的计算软件介绍——Materials StudioMaterials Visualizer 此模块的主要功能为高品质的图形显示，可显示各种分子，晶体与高分子。亦可以提供分子模拟的功能。可由所建立的分子图形，结合该软件内含的化学数据库，找出最低能量构形。 下图为利用此模块所得的一些分子与晶体的结构的图形示例：几种常用的计算软件介绍——Materials Studio Amorphous Cell 此模块的主要功能为建立，模拟计算与分析非晶形聚合物系统。该模块可用以预测聚合物的性质。DISCOVER 该模块为Material Studio软件的核心计算模块。此模块以经典力学的方法结合适当的全原子力场以模拟计算各种化学与材料体系。可用以研究催化，分离，结晶及高分子体系的特性。利用此模块可预测固体，液体及气体的重要特性。几种常用的计算软件介绍——Materials StudioCOMPASS 该模块提供特殊的力场，此力场适用于凝态材质的模拟计算。此力场由精确的量子计算及各种实验的数据所得出，其目的在于准确的计算出分子及系统于不同的温度及压力条件下的结构，振动光谱，热力学特性。此力场目前适用于有机分子，无机氧化物分子，高分子及金属离子等系统。Equilibria 该模块主要功能为执行相平衡的模拟计算，有助于化工与石化工业的制成设计。几种常用的计算软件介绍——Materials StudioReflex 此模块主要应用于衍射光谱，晶体结构的模拟计算。Reflex模块由所建立的晶体结构计算可能的X-光衍射，中子衍射与电子衍射的粉状样品图谱。Reflex Plus 该模块为Reflex模块的推广，主要功能为由高分辨率实验的X-光衍射图谱推出晶体的结构。几种常用的计算软件介绍——Materials StudioCASTEP与?? CASTEP模块与模块均为利用量子力学的密度泛函数(DFT)方法的计算模块。CASTEP模块适用于固体，界面与材质表面等具有周期性边界的系统。模块可适用于单独的分子，或分子集合体(如固体，表面…)的计算。 几种常用的计算软件介绍——Materials Studio CASTEP的密度泛函数计算是以精确的量子力学 ab- initio计算法为基础，结合分子动力模拟及固态理论。由此方法所得的结果通常十分精确，但较为耗时。 的密度泛函数方法以数值型态表示其原子基底函数，并能以变化内坐标的方式快速的处理结构优化的计算，其计算速度较快，但精准性一般不如CASTEP。?? CASTEP与模块均已具备平行化计算的功能，可以大量的提升其计算效率。几种常用的计算软件介绍——VASP几种常用的计算软件介绍——VASPVASP：(Vienna Ab-initio Simulation Package) VASP是使用赝势和平面波基组，进行从头量子力学分子动力学计算的软件包，是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。几种常用的计算软件介绍——GAUSSIANGaussian： 是一个功能强大的量子化学综合软