第八章基因工程关技术.ppt

第八章 基因工程相关技术 第一节 RNAi 第二节 基因芯片 第三节 基因信息分析技术 DNA芯片的主要类型 按制备方式分： 原位合成芯片：采用显微光蚀刻等技术在特定部位原位合成寡核苷酸而制备的芯片。探针较短 DNA微集阵列：将预先制备的DNA片段以显微打印的方式有序地固化于支持物表面而制成的芯片。探针的来源较灵活 喷墨打印技术 DNA测序: 杂交测序（SBH） 基因表达分析： 基因组研究：作图、测序、基因鉴定、基因功能分析 基因诊断：寻找和检测与疾病相关的基因及在RNA水平上检测致病基因的表达 药物研究与开发： 基因表达谱（gene expression pattern 基因表达谱芯片的应用最为广泛，技术上也最成熟。这种芯片可以检测整个基因组范围的众多基因在mRNA表达水平的变化。它能对来源于不同个体、不同组织、不同细胞周期、不同发育阶段、不同分化阶段、不同生理病理、不同刺激条件下的组织细胞内基因表达情况进行对比分析。从而对基因群在个体特异性、组织特异性、发育特异性、分化特异性、疾病特异性、刺激特异性的变化特征和规律进行描述， 进一步阐明基因的相互协同、抑制、互为因果等关系。有助于理解基因及其编码的蛋白质的生物学功能，并从已知生物学功能的基因推论未报道基因的生物学意义。同时，还可在基因水平上解释疾病的发病机理，为疾病诊断、药效跟踪、用药选择等提供有效手段。 例如：急性白血病、黑色素瘤、卵巢癌、乳腺癌、前列腺癌、肝癌等表达谱芯片的研究。 基因芯片的优点 高通量 大规模 高度平行性 快速高效 高灵敏度 高度自动化 第三节 基因信息分析技术 一、核酸序列的检索 对已知核酸序列的检索是核酸序列分析的一个基本方面。常用的方法有两种: 第一种方法:利用美国国家生物信息中心（NCBI）的Entrez检索系统 /Entrez/index. html 进行检索。 第二种方法:使用SRS检索系统（Sequence Retrieval System）。SRS是欧洲生物信息研究所（EBI）开发的以WWW界面运行的数据库检索系统， 是生物信息界应用最为广泛的数据库系统，目前在全球有40多个SRS服务器（http://downloads.lionbio.co.uk/publicsrs.html），中国有5个 Entrez的核酸序列检索界面 对多个序列接受号进行批量检索，可在序列输入框中输入多个序列接受号，之间以空格分开。 SRS的详细使用方法可参见用户使用手册和SRS教程（http://bioinfo.hku.hk/srsdoc/srsuser.pdf）（http://bioinfo.hku.hk/srsdoc/srs.ppt）。 中国主要的SRS服务器 机构 数据库数目 网址 SRS版本号 北京大学（PKU） 138 7.0.2 中南大学（SCUT） 26 :9090/srs71/ 7.1.3 中国微生物信息网（IM） 64 7.1.1 中国生物信息网（BioSino） 15 /srs71/ 7.1 上海生物信息技术研究中心 82 /srs7/ 7.1 （SCBIT） 二、核酸序列的基本分析 （一）分子量、碱基组成、碱基分布 （二）序列变换 （三）限制性酶切分析 （四）克隆测序结果分析 （一）分子量、碱基组成、碱基分布 核酸序列的分子量、碱基组成、碱基分布等分析可通过一些常用软件，如BioEdit、DNAMAN等进行。 （二）序列变换 进行序列分析时，经常需要对核酸序列进行各种变换，例如反向序列、互补序列、互补反向序列、显示DNA双链、转换为RNA序列等。使用BioEdit或DNAMAN等软件可以容易地实现这些功能。在BioEdit中，这些功能集中在“Sequence”→“Nucleic Acid”，从中可以选择对当前序列进行不同方式的序列变换 。 （三）限制性酶切分析 限制酶数据库（Restriction Enzyme Database, REBASE）中收集了限制酶的所有信息，包括甲基化酶、相应的微生物来源、识别序列位点、裂解位点、甲基化特异性、酶的商业来源以及分开发表和未发表的参考文献（http://rebase.neb. com/rebase/rebase.html）。 （四）克隆测序结果分析 2. 核酸测序中载体序列的识别与去除 三、基因的电子表达谱分析 利用NCBI的UniGene数据库可进行电子表达谱分析（/entrez/query.fcgi?db unigene） （一）利用STS数据库进行电子基因定位 ②BioEdit软件 BioEdit软件通过“Sequence”→“Nuclear Acid” →“Restriction Map”即可完成限制性酶切