欧文氏杆菌铁代谢相关基因的生物信息学分析.docVIP

欧文氏杆菌铁代谢相关基因的生物信息学分析 摘要：利用生物信息学软件对欧文氏杆菌（Erwinia carotovora subsp. atroseptica）基因组中与铁代谢相关的基因进行生物信息学分析。结果表明，共筛选到71个与铁代谢相关的基因，其中，有51个为已知功能基因，20个为推测功能基因。在获得的71个基因中，12个基因参与铁载体合成、27个基因与Fe3+吸收有关、3个基因与Fe2+吸收有关、10个基因与亚铁血红素吸收有关、1个基因与编码贮铁蛋白有关、7个基因与铁吸收调控有关、还有11个基因可能与铁代谢有关。 关键词：欧文氏杆菌（Erwinia carotovora subsp. atroseptica）；铁代谢相关基因；生物信息学分析 中图分类号：S432.4+2 文献标识码：A 文章编号：0439-8114（2013）22-5606-03 随着生物信息学的发展，利用生物信息学方法研究生命现象与机制已成为新的研究热点。软腐病菌中的欧文氏杆菌（Erwinia carotovora subsp. atroseptica）SCRI1043的全基因组序列已公布[1-3]。本研究运用生物信息学方法筛选欧文氏杆菌基因组中与铁代谢有关的基因，并进行相关分析，为控制软腐病的发生提供理论依据。 1 材料与方法 根据NCBI数据库中欧文氏杆菌SCRI1043（以下简称Eca1043）的基因组，将Eca1043的基因组中每一个编码序列Coding sequence（CDS）利用DNAMAN软件转化为FASTA蛋白的格式，与NCBI数据库中公布的28个完全注解的肠杆菌科细菌的CDS进行BLAST比对，找出该菌株中所有与铁代谢相关的基因，并使用DNAStar和TreeView软件对其进行同源性分析。 2 结果与分析 Eca1043菌株的基因组大小为5 064 019 nt，G+C含量为50.97%，4 614个已预测的CDS，其中有20个假基因，7个rRNA操纵子，76个tRNA。通过与28个完全注解肠杆菌科细菌的全部CDS进行BLAST比对，发现了71个与铁代谢相关的基因，其中包括12个参与铁载体合成的基因，27个基因与Fe3+吸收相关的基因，3个与Fe2+吸收相关的基因，10个与亚铁血红素吸收相关的基因，1个与贮铁蛋白相关的基因，7个与铁调控相关的基因，11个其他可能与铁代谢相关的基因。 2.1 铁载体生物合成系统 通过序列比对，Eca1043菌株中与铁代谢相关基因与大肠杆菌（Escherichia coli）中某些基因具有较高的相似性，ECA0475、ECA0474、ECA0477、 ECA0478、ECA0479、ECA0480、ECA0481、ECA2023、ECA3781、ECA4116基因与肠菌科中大肠杆菌中cirA、entD、entC、entE、entB、entF、entA、iucC、fepA、 iucC基因的氨基酸序列相似性分别为36.61%、32.53%、46.30%、64.63%、62.94%、30.30%、60.32%、29.47%、63.71%、29.47%。ECA0731、ECA3985基因的氨基酸序列与假结核耶尔森氏菌（Yersinia pseudotuberculosis）基因的氨基酸序列相似性分别为58.60%、74.36%。由于大肠杆菌中entD、entC、entE、entB、entF、entA基因编码的蛋白与铁载体的生物合成有关[4]，推测Eca1043菌株中的ECA0475、ECA0474、ECA0477、ECA0478、ECA0479、ECA0480、ECA0481基因也应该与欧文氏杆菌铁载体生物合成相关。 2.2 Fe3+转运系统相关基因 在Eca1043菌株的基因组中发现12个Fe3+-铁载体转运子，其中包括Fe3+转运子、Fe3+ ABC转运子、铁色素转运子、Fe3+-二柠檬酸盐转运子。12个Fe3+-铁载体转运子中有4个操纵子包括11个基因（ECA1492—ECA1494，ECA2561—ECA2564、ECA3243、 ECA4254—ECA4256）编码Fe3+ ABC转运相关蛋白，有1个操纵子包括3个基因（ECA3310—ECA3312）编码铁色素转运相关蛋白，有1个操纵子包括6个基因（ECA1073—ECA1078）编码Fe3+-二柠檬酸盐转运相关蛋白，有1个操纵子包括2个基因（ECA3138—ECA3139）编码Fe3+转运相关蛋白，还有5个操纵子包括5个基因（ECA0350、ECA0814、ECA1510、ECA1775、ECA2718）尚无法确定具体功能。 2.3 Fe2+转运系统相关基因 细菌中Fe2+吸收与Fe3+吸收是同等重要的[5]。在Eca1043菌株的基因组中，不但发