钟杨-生物信息学.docVIP

各种blast的定义： 1）、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2）、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3）、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 4）、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5）、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。 双向BLAST:用物种A的基因序列搜索(BLAST)物种B的基因序列，搜到的最高相似的序列反过来再BLAST物种A的基因组(阈值E小于1 e一20)。如果两条序列在这两个BLAST中均是最相似的，称为“双向BLAST最高相似蛋白”，则认为是直系同源关系。 Mega-Blast：可用于搜索近似完全的匹配, 可以处理一批核苷酸查询，比标准BLAST查询速度快，NCBI进行基因组BLAST查询时的默认程序。 PSI-BLAST：位置特定的迭代 BLAST(Position Specific Iterated BLAST)，搜索数据库以找出与查询序列同一蛋白质家族的成员，揭示亲缘关系较远的蛋白质间的关系。 两个序列间的查询 比较两个序列的相似性，不需要传统BLAST的数据库查询 BLAST2 局部对位排列，获得结构域或序列内重复信息 建议不超过150 kb Blast流程Blast---Basic Local Alignment Search Tool 在浏览器中输入NCBI网址即可进入BLAST的主页，根据目的选用相应的blast类别进行搜索。进入搜索页面后，把查询序列粘贴到“search”编辑框中。在database选择项中，有若干数据库可以选择，BLAST的缺省数据库是nr数据库，如果有特别需要可以选别的数据库。点击BLAST之后，程序就会把序列提交给BLAST服务器，服务器会返回给用户一个requestID，用于搜索BLAST 结果。输入ID，点击相应按钮，浏览器就会弹出新的窗口显示BLAST结果。 BLAST结果通常包括三个部分： 序列在数据库中搜索得到的Hits分布图，把用户序列在数据库中能找到的匹配序列从高到底用不同颜色的线条图形表示出来。 在数据库中检索到的匹配序列的从高到低的排序，BLAST显示所有E值小于设定的E值的匹配序列。这个部分包括三个数据： ------第一列：序列的名称 ------第二列：Score（分值），用户序列和数据库序列中命中序列比对之后的相似性打分，打分越高则序列相似性越高。 ------第三列：E值，是随机产生一个比所得分值高的对位排列的概率。是衡量分值可靠性的测度，E值越小, 所得相似序列的可靠性越高。 如果用户有大量的数据，则需要将BLAST程序下载到用户本地的计算机中，进行本地化分析。 举例： 恐龙蛋化石中的18s rDNA 对从恐龙蛋提取出来的18S rDNA进行BLAST，得出多个分值较高同时E值很小的结果，根据此值做出与恐龙蛋基因的遗传树 发现 DA18s1类似于真菌 DA18s7类似于被子植物 DA18s1 、DA18s7与鸭、人、鳄鱼和其他动物的序列差异很大 鸟类与爬行类是恐龙现存的最近的物种; DA18s1/7都不是真正的恐龙DNA 麻黄碱类化合物的起源假说 背景介绍：Dopamine能神经元与学习，记忆，运动及药物成瘾有关 麻黄碱与人体内肾上腺素受体(AD)及多巴胺转运蛋白（DAT）结合 解释： 麻黄碱是麻黄的一种防御物质，其作用之一是抵抗镰孢菌的侵染 麻黄碱对镰孢菌的防御与麻黄碱和镰孢菌中的FG07634蛋白结合有关 FG07634蛋白与人体神经系统中主管奖励机制的一种蛋白----Dopamine transporter (DAT)具有同源性 (由于这种同源性，使麻黄碱类化合物能够干扰人体 “奖励系统”的正常运转，从而发生毒品效应)。 推测： 推测FG07634蛋白的功能，因同源同功，推测其为“转运蛋白” 推测被FG07634蛋白转运的物质 ---与Dopamine、Serotonin、Adrenaline、GABA、Proline等神经介质的功能及结构相似 ---可能与镰孢菌对植物的侵害有关 进一步得出：Fusaric Acid—可能被FG07634转运的物质 Fusaric Acid与Dopam