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2009信息学会 数量性状的TDT检验功效 华南农业大学动物科学学院 张豪 博士 方差分析的缺陷 优点 简单: 标准统计软件 灵活: 可以分析各种已知的效应 缺点 假阳性，检验功效低 受群体分层的影响 解决办法 提高阈值: Bonferroni t test 换用其它的分析方法: TDT 原理 Xu(1995) 混杂的概念 HLA座位的A1等位基因与用筷子吃饭能力 用筷子吃饭: A1等位基因频率95%, 中国人 不用筷子吃饭: A1等位基因频率5%, 白人 人种为混杂因素 家畜 非随机交配, 引种等 TDT TDT Transmission disequilibrium test 当存在连锁时, 检验是否存在关联 不受群体分层等的影响 风险因素(risk factor) 影响疾病的座位 TDT 原理 比较传递了某个等位基因的个体和没有传递某个等位基因的个体 可用于只有两个等位基因的座位和多个等位基因的座位 病例-对照设计 病例-对照设计 数量性状: 统计数 评价 实际上是传递了某个等位基因的个体与总体平均数的比较 统计数绝对值下降, 降低检验功效 TDT的变体 符号意义及评价 YMK = M 等位基因后裔的表型值 Ymk = m 等位基因后裔的表型值 nM = 传递给后裔 M 等位基因的杂合亲本数量 nm = 传递给后裔 m 等位基因的杂合亲本数量 k = 第 k 个亲本 j = 第 k 个亲本第 j 个后裔 TDT: 回归法: 检验回归系数 原理 把自变量分为5类：-1，-1/2，0，1/2，1 TD = Hf(Tf – ?) + Hm(Tm – ?) 如果亲本为“12”，则Hf(m)=1，否则等于0 如果后裔从基因型为“12”的亲本遗传了等位基因“1”，则Tf(m) = 1，否则为0 统计数：回归系数 群体分层的影响 纵轴: P值, 横轴: 等位基因频率 样本含量和检验功效 样本含量固定 * * d b - c - a + + 对照 病例 “+”表示风险因素存在, “-”表示风险因素不存在. a 和 d 不提供任何信息. 已知 b + c 的总数, 如果病症和风险因素无关, b 和 c 有相同的概率0.5, b|b+c服从二项分布B(b+c, ?) 李照海, 覃红, 张红, 2006 此时有 根据中心极限定理 服从标准正态分布 于是 服从?2(1) McNemar Test Yjk = 第 jth 个家系第 k 个后裔的性状值 Ybar = 所有家系性状的均值 TDSjk =第 jth 个家系第 k 个后裔从父亲继承的某个等位基因的指示变量 TDDjk =第 jth 个家系第 k 个后裔从母亲继承的某个等位基因的指示变量 Z 服从自由度等于njk – 1的 t 分布 Kolbehdari et al. 2006 Xiong et al. 1998 实际上为独立样本的 t 检验 检验功效比较高, 因为统计数增大 0 22 22 22 - ? 22 ? 12 22 12 -1 22 0 12 1 11 12 12 0 12 22 11 - ? 12 ? 11 12 11 0 11 11 11 TDT Gp Gd Gs Hernandez-Sanchea et al. 2003 D: 连锁不平衡 S: 分层 C: 重组率 Hernandez-Sanchea et al. 2003 Solid line = sires are heterozygous, and dams are randomly selected; broken line = both sires and dams are randomly selected 10 sires are typed; the ratio of dam to sire and the number of full sibs are 10 and 7 respectively ?=both parents are heterozygous; ?=sires are heterozygous, and the frequency of trait-increasing allele equals 0.5; ○= sires are heterozygous, and the frequency of trait-increasing allele equals 0.1; ?=both parents are randomly selected, and the frequency of trait-increasing allele equals 0.5; ? = both parents are randomly selected, and th