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吉林大学国家级生物实验教学示范中心实验报告 课程名称：生物信息学 实验题目：同源模建 2012年12月9日 姓名：孙瑶 学号： 用户名：name101 蛋白质的三维结构是其功能发挥的基础。 蛋白质的三维结构由氨基酸序列决定。 三维结构的测定方法：实验方法：准确，但有局限性；X射线晶体衍射方法等；生物信息学方法：从序列到结构，限制条件少；同源模建方法(homology modelling)等。 二、同源模建的原理 同源模建方法是根据目标蛋白质序列和相关模板蛋白质结构确定目标蛋白质最可能结构的建模方法。 目标蛋白质序列 目标蛋白质结构 模板蛋白质结构 由模板蛋白质结构共性特点确定定目标蛋白质可能的空间结构。包括键长、键角、肽基和侧链环的共平面性、各个原子的手性、范德华接触距离以及胱氨酸二硫键的键长、键角和二面角等。 三、实验过程（以乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase, TvLDH为例) 1．寻找与TvLDH相关的结构 1.1 打开查看TvLDH.ali，TvLDH的序列信息文件 文件内容： P1;TvLDH sequence:TvLDH:::::::0.00: 0.00 MSEAAHVLITGAAGQIGYILSHWIASGELYGDRQVYLHLLDIPPAMNRLTALTMELEDCAFPHLAGFVATTDPKA AFKDIDCAFLVASMPLKPGQVRADLISSNSVIFKNTGEYLSKWAKPSVKVLVIGNPDNTNCEIAMLHAKNLKPEN FSSLSMLDQNRAYYEVASKLGVDVKDVHDIIVWGNHGESMVADLTQATFTKEGKTQKVVDVLDHDYVFDTFFKKI GHRAWDILEHRGFTSAASPTKAAIQHMKAWLFGTAPGEVLSMGIPVPEGNPYGIKPGVVFSFPCNVDKEGKIHVV EGFKVNDWLREKLDFTEKDLFHEKEIALNHLAQGG* 显示了乳酸脱氢酶的序列信息。 1.2 pdb_95.pir文件 C; Produced by MODELLER P1;1swyA structureX:1swy: 1 :A: 164 :A:MOL_ID 1; MOLECULE LYSOZYME; CHAIN A; SYNONYM LYSIS PROTEIN, MURAMIDASE,:MOL_ID 1; ORGANISM_SCIENTIFIC BACTERIOPHAGE T4; ORGANISM_COMMON VIRUS; GE: 1.06:-1.00 MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVAAAV RGILRNAKLKPVYDSLDAVRECALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVI TTFRTGTWDAYKNL* 文件中有大量的相似信息，为不同的蛋白序列，用于下一步的比对工作。 1.3 在Modeller 文件夹下面运行build_profile.py脚本 $ mod9.11 build_profile.py 光标在下一行闪烁几秒钟，然后另起一行停止 ls命令查看文件夹下面内容 发现多出了如下文件： build_profile.log build_profile.ali build_profile.prf pdb_95.bin（通过序列对比的方法与乳酸脱氢酶相似度大于95%的） $ vi build_profile.prf 文件返回符合相似性95%,不一样残基数30%的序列 2.选择模板 2.1根据build_profile.prf结果，准备6个pdb文件 选择的文件其Evalue值都是0，从中选出：1b8p,1bdm,1civ,5mdh,7mdh,1smk 共计六个较优的文件。（已经由实验老师准备好了此六个蛋白的PDB文件） 2.2运行compare.py脚本 $ mod9.11 compare.py 得到compare.log, family.mat文件 $ vi compare.log 查看文件，选择用1bdm号蛋白 3.比较TvLDH与所选模板的序列 3.1运行align2d.py脚本； $ mod9.11 align2d.py 得到： TvLDH-