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Popgene132(中文手冊)
用户快速指导POPGENE版本 1.321一、POPGENE窗口概览该软件由 C++语言书写。POPGENE 窗口计算环境有两种类型:Data display windows(数据显示窗口)和 Dialog boxes(对话框).其窗口菜单包含八部分:File:用于建立新的数据文件或打开存在的文件Edit:用于从其他窗口修改和复制文本Search:寻找或取代选择的文本Co-Dominant:用于通过用 co-dominant 标志去调用物种遗传分析Dominant:用于通过用 dominant 标志去调用物种遗传分析Quantitative:用于通过用量化特征去调用物种遗传分析Window:用于布置、选择和控制窗口分布Help:帮助,告诉你如何使用该软件在菜单栏下面有工具栏,可以快速容易的使用窗口的特色部分。底部有状态栏,它提供的信息包括光标位置和输入数据大小。二、POPGENE 计算程序窗口概览POPGENE/Co-Dominant 和 Dominant markers 两个对话框:Haploid DataAnalysis 和 Diploid Data Analysis。 每个对话框里有 3 个等级的 HierarchicalStructure:Single Populations, Groups 和 Multiple populations。 Single Locus和 Multilocus 遗传参数的评定通过选择一个或多个 Hierarchical Structure 核对框实现的。HAPLOID DATA ANALYSISGene Frequency: 从原始数据中判断每个 locus 的基因频率Allele Number:计数非零频率等位基因的数量2Effective Allele Number:评价彼此的结合性Polymorphic Loci: 不管等位基因频率,所有多种组合形态位置的百分比Gene Diversity:判断 Nei’s (1973)基因多样性Shannon Index: 判断 Shannon 信息指数,以此作为基因多样性的程度Homogeneity Test: 构建双向相依表和进行(χ 2)和相似率(G2)测试F-Statistics:为 Groups 或 Multiple Populations 判断 Nei’s (1973) GST,以及 GST和 GCSGene Flow: 从 GST 或 FST 中的判断中来进一步判断基因流Genetic Distance: 判断 Nei’s (1972)遗传特性和遗传距离以及不偏遗传特性和遗传距离Dendrogram:用 UPGMA 做基于 Nei’s 遗传距离的树形图Neutrality Test:用 Manly 提出的算法,为临界稳定执行 Ewens-Watterson 测试Two-locus LD: 判断 loci 和 χ 2 测试之间的 gametic disequilibriaBrown:计算观察的和预想的 K 的 momentsSmouse:编码常出现的等位基因为 1,假的等位基因为 0. 判断平均内在关系DIPLOID DATA ANALYSISGenotypic Frequency: 从针对 co-dominant markers 的原始数据中判断每个locus 的基因频率HW Test:在随机杂交的情况下,用 Levence 计算法则计算预想的遗传型频率,并 且 执 行 基 于 Hardy-Weinberg 平 衡 ( χ 2) 和 相 似 率 (G2) 的 测 试 , 仅 限 于co-dominant markersFixation Index:判断 FIS 作为异形接合体缺失或过多的判据Allele Frequency:判断原始数据的基因频率Allele Number: 计数非零频率等位基因的数量Effective Allele Number: 评价彼此的结合性Polymorphic Loci: 不管等位基因频率,所有多种组合形态位置的百分比Obs. Homozygosity:判断给定 locus 观察到杂合子的比例,仅对于 co-dominantmarkers3Exp. Homozygosity:判断随即杂交的情况下,预想杂合子的比例,仅对于co-dominant markersShannon Index: 判断 Shannon 信息指数,以此作为基因多样性的程度Homogeneity Test: 构建双向相依表和进行(χ 2)和相似率(G2)测试,测试针对于Groups 或者 Multiple PopulationsF-Statistics: 为 Groups 或 Multiple Populations 判断 F-statis
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