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Comparative biology: beyond sequence analysis 任理 绪论 和细胞机制一样，进化过程中蛋白质序列的保守性也是现代生物学中令人惊讶的发现之一。比如，我们的一些代谢基因显示出与其细菌对应物相同的序列及功能相似性。另外，细胞的核心过程如细胞周期的进行，DNA的复制和转录，他们的主要特征从酵母菌到人类都是保守的。这种广泛的保守性确实促进了模式生物在保守进程研究中的使用，这种研究在复杂体系中更难以检验出来，特别是序列相似性作为预测功能特性的主要工具已经出现。事实上，最新测序的基因组，包括基因预测，基因的功能要素或调控元件，他们的大部分说明都基于与其他功能已经被描叙出的序列的相似性。 尽管大多数比较研究集中在用保守特性的方法描述功能元件，但是种间差异也很有意思。可以说，这些差异是进化史最好的指示器，它能提供大量有关物种特殊适应性的信息。因此，鉴别这些差异对我们研究人之所以为人以及生物多样性如何产生是非常重要的。 特定条件下基因表达的比较分析 比较物种间基因表达的最初的动机是确定保守表达的程序，这些程序在机能上可能极为重要。这个可以通过集合不同的有机体中相同的表达数据集以及搜集相似的模式来达到。 McCrroll等人运用这种方法研究了成熟过程中表达的变化，比较了中年苍蝇和