原创力文档- 1、原创力文档（book118）网站文档一经付费（服务费），不意味着购买了该文档的版权，仅供个人/单位学习、研究之用，不得用于商业用途，未经授权，严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等，侵权必究。。
- 2、本站所有内容均由合作方或网友上传，本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺！文档内容仅供研究参考，付费前请自行鉴别。如您付费，意味着您自己接受本站规则且自行承担风险，本站不退款、不进行额外附加服务；查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档，您可以点击 这里二次下载。
- 3、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等，请点击“版权申诉”（推荐），也可以打举报电话：400-050-0827(电话支持时间：9:00-18:30)。
- 4、该文档为VIP文档，如果想要下载，成为VIP会员后，下载免费。
- 5、成为VIP后，下载本文档将扣除1次下载权益。下载后，不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们。
- 6、成为VIP后，您将拥有八大权益，权益包括：VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
- 7、VIP文档为合作方或网友上传，每下载1次， 网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等，对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档
查看更多
多序列比对可视化显示
【一】多序列比对的可视化显示
可能因为毕业论文内容论文需要，最近很多人都找我帮忙将clustal的序列比对文件结果可视化，现将TEXshade软件包能做出来的可视化效果分享给各位同学，因为使用TEXshade涉及到了一些LATEX知识，所以需要更深入的了解如何运作请给我留言或者私聊，此文仅将软件能做出的效果展示，虽然其实软件很简单，但不做具体使用说明，我的风格通常是授人以鱼，不授人以渔，嘻嘻。 最简单的莫过于纯粹的多序列比对排版，跟某些同学论文里面用Word排版的效果类似（word里面需要用等宽字体），效果类似如下： 如果稍微加点效果可能就变成了如下的样子，我们将相同的氨基酸标记出来： 当然，TEXshade能做的不仅仅是这些，下面这张图我们标记了其中的几个关键位置，去掉了右侧的“ruler” 好像这个样子就有点乱了 下面这幅就更详细一点了，我用不同的颜色代表了不同的conservation 很多情况下，我们只想呈现多序列中的某些突变位点，其实也可以很好的表达 如果将T-Coffee 的?score_ascii 文件一并输入TEXshade，效果我觉得很帅气 ? 我遇到过很多可视化表达各种结构域的例子，下面的表示是不是很帅呢？ 下面是另外的一些功能实例 下面的被称为Sequence fingerprints，其实加上fingerprint命令就可以直接出图了。 很早的时候，看到序列的LOGO图觉得很帅气，下面的Logo图你见过么？ 下面再给大家分享几个例子，其实TEXshade能做的很多，要靠大家的想象，我一向认为，只要人能想得出，数据可视化就能做得到。 所属相册： HYPERLINK /331336750/photo/V149fSIH18cC7e \t _blank 数据可视化 其实很多人都会觉得这么漂亮的图肯定做出来很复杂，其实TEXShade需要的很简单，输出上面的结果其实也就是几分钟的事情，前提是需要你准备好需要展示的序列，记录好要标注的位置就OK！ 例如：对于下面这个看似复杂的可视化结果，其实我们需要的代码很少，只需要5行代码就足够了！ 上图对应的TEX代码： 第一行指定了我们的输入文件，通常是比对的结果文件 第二行是指定了TEXshade的显示模式，这里用根据?不同 functional?groups的chemical properties标注颜色 第三行是表示只显示第一条序列（AQP1.PRO）138-170个碱基范围 第四号表示显示?legend 第五行表示代码结束
文档评论（0）