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PeptideProphet分析 运行PeptideProphet的结果可通过IE打开. 在IE中打开的PeptideProphet的结果 在pick columns选项中选中xcorr、deltcan、sprank三个sequest的参数，选择Update Page 4.运行ProteinProphet 点击Analysis Pipeline,选择Analyze Proteins 点击，添加文件 选择经PeptideProphet后生成的 Interact.pep.xml文件 其他为默认,点击Run ProteinProphet! 其它参数为默认,点击Run ProteinProphet,即可运行ProteinProphet程序 运行ProteinProphet完成后生 成的interact-prot.shtml 文件可由IE打开. 在IE中输入http://localhost/ISB/data/ZCNI_training/t.shtml,看到经ProteinProphet后的结果为: 7.数据的过滤筛选和将结果保存成Excel文件 在min probability填上0.9,选择export To excel,然后点击Filter/Sort/Discard Checked entries,即可将结果过滤并生成Excel文件. 过滤筛选后生成的excel文件 蛋白可信度 结果编号 蛋白索引号 唯一对应肽段数 对应肽段总数 肽段的氨基酸序列 过滤筛选后生成的excel文件 Thank You! 4. 查看结果 结果可靠性的统计指标以及强度 蛋白的覆盖率 蛋白检索号 对应肽断总数 蛋白分子质量 唯一对应肽断数 将结果保存为excel 查看检索参数，可保存为excel 5.替换数据库 下载蛋白数据库存放到fasta文件夹 (所使用fasta数据库为所研究种属的蛋白数据库，可从/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/proteomes/下载得到) 用记事本打开，编辑文件 在GPM界面，数据库的下拉菜单中添加一个名为mydatabase的选项 将新数据库的添加到GPM中， 保存文件，重新选择数据库运行程序。 参考文献： / /GPM/gpm_install_faq.html 蛋白质组学数据统计分析软件Trans-Proteomics Pipeline (TPP) Trans-Proteomic Pipeline (TPP)是用于LC/MS/MS蛋白质组学数据分析的软件. TPP包含一系列蛋白质鉴定和定量分析的模块, 能够对经Sequest数据库搜索引擎得到的结果进行筛选过滤,从而达到蛋白质鉴定和测序的目的. 蛋白质组学数据统计分析软件 Trans-Proteomic Pipeline 蛋白质组学数据统计分析软件 蛋白质组学数据统计分析软件 sp|P02754|LACB_BOVIN BETA-LACTOGLOBULIN PRECURSOR (BETA-LG) (ALLERGEN BOS D 5) - Bos taurus (Bovine). MKCLLLALALTCGAQALIVTQTMKGLDIQKVAGTWYSLAMAASDISLLDAQSAPLRVYVEELKPTPEGDLEILLQKWENGECAQKKIIAEKTKIPAVFKIDALNENKLVLDTDYKKYLLFCMENSAEPEQSLACQCLVRTPEVDDEALEKFDKALKALPMHIRLSFNPTQLEEQCHI TPEVDDEALEK : p = 0.96 PTPEGDLEILLQK : p = 0.81 LSFNPTQLEEQCHI : p = 0.65 P = 1 – (1-0.81)(1-0.96)(1-0.65) = 0.99 蛋白质组学数据统计分析软件 TPP的安装与配置 从/projects/sashimi/files/Trans-Proteomic%20Pipeline%20%28TPP%29/TPP%20v4.7%20%28polar%20vortex%29%20rev%201/上下载并安装windows版本TPP软件。 TPP_Setup_v4.7.1.exe 。 安装过程中选择附带安装Apache(安装TPP4.2要求系统已安装ActivePerl-5.8.8.*以上版本，可从网站上下载)。安装完成后，将会生成TPP的图标 安装完后,桌面上生成了TPP图标 使用TPP  点击桌面上的 TPP Web Tools ,将会出现TPP的登陆界面. User