蛋白质数据分析.ppt

软件列表 软件名 说明 网址 Osprey 相互作用网络的可视化系统 http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index PIN 相互作用网络的可视化系统（Yeast) /PIN/ Pajek 专业的大型网络分析软件 http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/ Cytoscape 网络数据分析和显示工具 / VGJ 网络画图软件 /department/cse/research/graph_drawing/graph_drawing.html PIVOT 蛋白质相互作用显示工具 http://acgt.cs.tau.ac.il/pivot/ ProViz 蛋白质相互作用显示工具 http://cbi.labri.fr/eng/proviz.htm PIMRider? Hybrigenics公司出的功能蛋白质组软件平台 /pimriderext/common/ Graphlet 用Tcl/Tk写的图形编辑和计算工具 sun.fim.uni-passau.de/Graphlet/ Cytoscape简介 Cytoscape是是一种开源式的互作网络分析及 可视化的软件。它主要功能是展示和检索网络，可视化的方式整合指定数据所对应的网络。其中在连接protein-protein, protein-DNA, and genetic interactions等大型数据库方面很强大。 软件拥有插座式结构，可以将所需要的功能以 ”插头”的形式插入软件实现功能。 Graph(网络) Nodes(分子) edges(interactions) Cytoscape Uniparc:uniprot archive * 软件 网址 简短描述 Entrez /Entrez NCBI提供的集成检索工具。整合了很多种序列数据库 DBGET http://www.genome.ad.jp/dbget 日本京都大学化学研究所提供的检索序列数据库的工具 UniProt /sprot/ EBI序列检索网页 SRS http://srs.ebi.ac.uk/ 由EMBnet提供的主要数据库检索工具 * * 注意，只是序列 * 序列相似性比较是蛋白质功能分析和预测的基础。目前这方面最常用的是用NCBI 的BLAST （Basic Local Alignment Search Tool） [31-35]软件进行序列同源性分析。在BLAST家族中，与蛋白质相关的程序包括：BLASTP,在蛋白质序列数据库中比对蛋白质序列；BLASTX，在蛋白质序列数据库中比对该蛋白质的核酸序列（包括6种读码框）；TBLASTX，在核酸序列数据库中比对蛋白质序列（包括6种读码框）。序列相似性比较可以获得许多的蛋白质信息，例如对蛋白质功能进行预测的原理是便是基于序列的同源性，通常认为相似的序列可能具有相似的功能。序列比对的另外一种方式是多序列比对（multiple sequence alignment）。可以用于多序列比对的程序如Clustal W[36-40]。多序列比对可以用来发现特征序列、蛋白质分类、比较序列间的同源性、帮助预测新序列二级结构与三级结构以及在进化分析方面均有很大帮助。 * 翻译后修饰是调节蛋白质功能的重要方式，对蛋白质翻译后修饰的研究可以帮助阐明和了解蛋白质功能及其功能变化，翻译后修饰的预测和分析也日渐成为生物信息学蛋白质序列分析中的重要的研究内容。 * GO is hierarchical, and structured as a directed acyclic graph - each term can have more than one is_a parent. directed acyclic graph: 有向非循环图 has both is_a and part_of relationships - the part_of relationship is widely critisised for having different meanings, amongst ontologies but also within ontologies. The meaning we generally use is ‘necessarily is_part’. * Mitosis: 有丝分裂 * As GO has been developed, we’ve come to realise the value of other good, controlled vocabularies to borrow from, and the value