药理学专论GeneOntolology探讨.ppt

基因本体论与GO技术 张波 Bozhang_lzu@126.com 2015年9月 本体论的哲学基础 第一哲学：‘是者之所以为 是 者’，以 及‘是者’由 于 本 性 所 应 有 的 性 质。” “是者”（ου／being）是 从 系 词 ‘是’（εｉυαｉ／to be）的 分 词 作 成 的 哲学概念，在西方哲学中可以用作表示泛指一切的概念、其涵盖范围比中文的“存在”、“万物”都要广。 ontology：即我们译作“本体论”并得到广泛流传的这个词，就是由 ont（ου的变式）加上词尾logy（意为科学、学说）组成的。因此，从亚里士多德起，“第一哲学”也就是本体论。 西方哲学分类 生物学与计算机信息学的矛盾 生物信息的巨大与混乱: 生物学家们浪费了太多的时间和精力在搜寻生物信息上。生物学上定义混乱，不同数据库使用不同的术语。计算机难以搜寻，随时间和人为多重因素而随机改变。 生物信息的归类对研究工作带来的挑战： 找一个用于制抗生素的药物靶点，找到所有的和细菌蛋白质合成相关的基因产物，特别是那些和人体中蛋白质合成组分显著不同的。如果一个数据库描述这些基因产物为“翻译类”，而另一个数据库描述其为“蛋白质合成类”，那么这无疑对于计算机来说是难以区分这两个在字面上相差甚远却在功能上相一致的定义。 一、基因本体论（gene ontology） 1988 年对三个模式生物数据库的整合开始：th