11人类后因组时代.ppt

* * 蛋白质一级结构分析： 结构特点分析，包括等电点、信号肽、穿膜区、DNA结合序列等 同源分析和检索，包括Nr数据库、Swissprot 数据库等 功能区分析，包括Prosite、Emotif、Identify分析等。 * * 蛋白质空间结构分析 蛋白质晶体结构数据库检索，如PDB数据库。 蛋白质空间结构预测，如Homology等软件分析。 * * 人类功能基因研究的二级数据库要求 提供未知功能的靶基因cDNA、基因组DNA、编码区蛋白质序列，应有EST序列的支持。 提供蛋白质一级结构信息数据，包括等电点、穿膜区、核定位信号、DNA结合域、功能区、特殊结构分析结果等 提供核酸和蛋白质序列同源性分析的结果（应定期更新） 提供外显子、内含子、启动子等基因组结构的图谱 提供表达谱分析 * * cDNA序列 Nr数据库 EST数据库 HGP数据库 Unigen 数据库 SNP数据库 同源序列 检索 序列拼接； 新剪切体 分析 基因组序列 结构 表达谱 分析 基因变异 cDNA序列的数据库分析 * * 8。蛋白质组学（Proteomics） 研究细胞或组织的基因组表达的全部蛋白质（表达蛋白质组学，Expression proteomics） 通过细胞内蛋白质复合物研究蛋白质与蛋白质的相互作用（细胞作图蛋白质组学，Cell-map proteomics） 双相电泳技术和质谱技术是蛋白质组学研究的最重要技术 * * * * 蛋白质2D电泳分析 * * 9。结构基因组学 高通量的蛋白质三维结构分析，为蛋白质的功能研究和药物设计提供基础 * * 10。模式生物和病原生物基因组学 对其它生物进行全基因组序列分析,开展比较基因组学（comparative genomics）研究。迄今至少已有5种真核生物，38种微生物完成全基因组序列分析 * * 模式生物的基因敲除 （Knock out） 小鼠、酵母、果蝇等生物 的基因敲除 * * 我国在人类基因组计划中取得了重要成果，但在功能基因组研究中尚处滞后阶段 人类功能基因组研究必须多学科、多实验室协作完成，必须吸引功能实验室和临床实验室参加 对人类未知功能的基因进行系统性的功能和开发研究将成为我国生命科学知识创新和技术创新的新生长点 我国在人类基因组计划中的研究现状 * * 人类分泌蛋白二级数据库的建立 由于细胞因子、生长因子、蛋白质激素等具有重要功能及应用价值的生物学活性物质均为小分子的分泌蛋白质，从人类基因组中寻找未知功能的小分子分泌蛋白及编码基因有可能发掘出新的细胞因子类生物活性物质，为进一步的功能研究和基因工程药物的开发研究提供源头创新的靶基因。 * * * * 新细胞因子cDNA克隆化策略 * * 细胞因子（Cytokine）：由机体各种细胞分泌的具有调控细胞生长分化、调节免疫功能和生理活性并参与病理反应的小分子肽或蛋白质。 包括：白细胞介素 (IL) 集落刺激因子 (CSF) 肿瘤坏死因子 (TNF) 趋化因子 (Chemokine) 转化生长因子-? (TGF- ? ) 生长因子 (Growth Factor ) 干扰素 (IFN) 等 * * 1. 细胞因子的常规克隆化策略 ? 活性筛选 发现细胞因子的活性线索?细胞因子表达细胞? 提取mRNA ?逆转录成为cDNA? 克隆化至真核表达载体? 转化大肠杆菌?细胞因子活性筛选? 鉴定 * * 例1：IL-3 猴T细胞系UCD-144MLA，可刺激CML细胞增殖。提取UCD-144MLA细胞mRNA，构建含30000个克隆的cDNA 表达文库，提取质粒DNA，分成100份，每份200个克隆，分别转染COS-7细胞，上清测定刺激活性，8份具有活性，其中只有1份不被抗GM-CSF抗体所抑制，进一步有限稀释法筛选，获得猴IL-3 cDNA，再经杂交筛选人的基因文库，获得人IL-3 序列（Cell 1986， 47：3，）。 * * 2.细胞因子产生细胞cDNA的大规模测序和生物信息学分析 细胞因子产生细胞cDNA文库?大规模随即测序?基因和蛋白数据库同源性比较?与已知细胞因子有同源性的克隆?全长cDNA克隆化?真核原核表达?活性筛选?鉴定 * * 例1：MPIF（Myeloid Progenitor Inhibitory Factor-1）： 从动脉内皮细胞cDNA文库大规模随机测序，发现其中之一编码氨基酸与MIP-1?