生物化学 第四章 蛋白质的共价结构课件.ppt

台州学院生命科学与医药化工学院 柯世省 肽键 肽键的特点是氮原子上的孤对电子与羰基具有明显的共轭作用。 组成肽键的原子处于同一平面。 肽键 肽键中的C-N键具有部分双键性质，不能自由旋转。 在大多数情况下，以反式结构存在。 肽基的C、O和N原子间的共振相互作用 脑啡肽 Met-脑啡肽 +H3N-Tyr-Gly-Gly-Phe-Met-COO- Leu-脑啡肽 +H3N-Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu-COO- 环状八肽 ? L-Leu-D-Phe-L-Pro-L-Val ? ? L-Orn L-Orn ? ? L-Val-L-Pro-D-Phe-L-Leu ? 短杆菌肽S(环十肽) ?由细菌分泌的多肽，有时也都含有D-氨基酸和一些不常见氨基酸，如鸟氨酸（Ornithine, 缩写为 Orn）。 此法是多肽链C-末端氨基酸分析法。 多肽与LiBH4在无水条件下加热，C-端氨基酸被还原为醇即从肽链上解离出来，其余的氨基酸则不变。醇很容易与其余氨基酸分离。 还可用碘乙酸—ICH2COO- 保护，在多肽链中引入负电荷。亦可用碘乙酰胺—ICH2CONH2 保护。 如用乙撑亚胺保护巯基，生成氨乙基半胱氨酸AECys，在肽链中引入胰蛋白酶的酶切位点。 酸水解 常用6 mol/L的盐酸或4 mol/L的硫酸在105-110℃条件下进行水解，反应时间约20小时。 此法的优点是不容易引起水解产物的消旋化。缺点是色氨酸被沸酸完全破坏； 含有羟基的氨基酸如丝氨酸或苏氨酸有一小部分被分解；门冬酰胺和谷氨酰胺侧链的酰胺基被水解成了羧基。 碱水解 一般用5 mol/L氢氧化钠煮沸10-20小时。 由于水解过程中许多氨基酸都受到不同程度的破坏，产率不高。 部分的水解产物发生消旋化。 主要用来测定色氨酸含量 消化道内几种蛋白酶的专一性 不同生物来源的细胞色素c中不变的AA残基 不同生物与人的Cytc的AA差异数目 （九）蛋白质序列数据库 由于测定克隆基因的核苷酸序列比测定蛋白质氨基酸的序列更快、更有效，现在大多数蛋白质序列是从核苷酸序列翻译成氨基酸序列。要确定一个新序列，研究者所作的第一件事就是将它与数据库中的其它已知的序列进行比较，确定其中是否存在同源性。 四、蛋白质的氨基酸序列与生物功能 （一）同源蛋白质的物种差异与生物进化 1.同源蛋白质 在不同生物体中行使相同或相似功能的蛋白质称为同源蛋白质。 同源蛋白质的氨基酸序列具有明显的相似性称为序列同源性。 同源蛋白质一般具有几乎相同长度的多肽链，它们的氨基酸序列与那些提取它们的物种的亲缘关系具有同一性。 14 10 6 100 1 34 32 30 29 27 18 17 67 59 52 51 48 45 41 38 87 84 82 80 70 68 91 Gly Gly Phe Cys Gly Gly Gly Arg Lys Gly Cys Lys Phe His Pro Leu Gly Arg Tyr Ala Asn Trp Tyr 70 75 80 Lys Lys Lys Pro Pro Tyr Ile Gly Thr Met Asn Leu 血红素 细胞色素c分子的空间结构 不变的 AA残基 35个不变的AA残基，是Cyt C 的生物功能所不可缺少的。其中有的可能参加维持分子构象；有的可能参与电子传递；有的可能参与“识别”并结合细胞色素还原酶和氧化酶。 （二）N-末端和C-末端氨基酸残基的鉴定 1.N-末端分析 （1）DNFB法； （2）DNS法 （3）PITC法 （4）氨肽酶法 2.C-末端分析 （1）肼解法； （2）还原法 （3）羧肽酶法 Sanger法。2,4-二硝基氟苯在碱性条件下，能够与肽链N-端的游离氨基作用，生成二硝基苯衍生物（DNP）。 在酸性条件下水解，得到黄色DNP-氨基酸。该产物能够用乙醚抽提分离。不同的DNP-氨基酸可以用色谱法进行鉴定。 N 末端基氨基酸测定 二硝基氟苯（DNFB）法 在碱性条件下，丹磺酰氯（二甲氨基萘磺酰氯）可以与N-端氨基酸的游离氨基作用，得到丹磺酰氨基酸。 此法的优点是丹磺酰-氨基酸有很强的荧光性质，检测灵敏度可以达到1?10-9mol。 N 末端基氨基酸测定 丹磺酰氯法 氨肽酶是一