第二章 工业用微生物菌种.pptVIP

* * 代谢工程发展基础 相依网络：代谢网络中各主节点集中于产物，为了避免中间物的过量积累，各分支的代谢流都必须保持平衡，各分支的分流相等，各节点的重要性相同。 独立网络：代谢网络的主节点不集中，可以通过对代谢的修饰来影响产物的产量,其对代谢修饰的应答能力，取决于各节点的刚柔性及其位置。 S I P S Ⅰ Ⅱ P Ⅱ B B1 B2 相依网路 独立网路 代谢工程育种思路 1. 改变代谢流：改变分支代谢途径的流向，阻断有害代谢产物的合成。 （1）加速限速反应 （2）改变分支代谢途径流向：提高代谢分支点的某一分支代谢途径酶系的活力，在与另外的分支代谢途径的竞争中占有优势，可以提高目的代谢末端产物的产量。 （3）构建代谢旁路 （4）改变能量代谢途径 代谢工程育种思路 2. 扩展代谢途径 （1）在引入外源基因后，使原来的代谢途径向后延伸，产生新的末端代谢产物。 （2）使原来的代谢途径向前延伸，可以利用新的原料生物合成代谢末端产物。 代谢工程育种思路 3. 转移或构建新的代谢途径 1)转移代谢途径: 为生产某一新的化学结构的代谢产物，将催化某一代谢途径的基因组克隆到另一不具备该种能力的微生物中，达到代谢途径转移的目的，使之具备生产该种新化合物的能力。 2)构建新的代谢途径: 利用基因工程手段，通过克隆少数基因将原来细胞中无关的两条代谢途径桥连在一起，形成新的代谢途径。 ? * 代谢途径构建演示 ΔG0 √ Low yield * 代谢工程到合成生物学Metabolic Engineering to Synthetic Biology 对天然宿主代谢途径进行改造 将目标代谢途径导入新宿主中 设计非天然代谢途径、宿主 Nat Biotechnol, 2011, 27, 693-695 Metabolic engineering Synthetic Biology * 合成生物学 “合成生物学”就是在基因组技术为核心的生物技术基础上，以系统生物学思想为指导，综合化学物理技术和生物信息技术，利用基因和基因组的基本要素及其组合，设计、改造、重建或制造生物分子、生物体部件、生物反应系统、代谢途径与过程、乃至整个生命活动的细胞和生物个体。 合成生物学里程碑 * Daniel G. Gibson and J. Craig Venter The J. Craig Venter Institute Science, 2008, 319, 1215-1220 Science, 2009, 325, 1693-1696 Science, 2010, 329, 52-56 先将蕈状支原体的DNA（脱氧核糖核酸），注入“山羊支原体”中 .最后新的支原体终于开始自我繁殖，成为世界首个“人造生命 * CRISPR-Cas CRISPR（Clustered regularly interspaced short palindromic repeats），被称为规律成簇间隔短回文重复，实际上就是一种基因编辑器，是细菌用以保护自身对抗病毒的一个系统，也是一种对付攻击者的基因武器。 Science. 2013, 339, 819-823. Science . 2013, 339, 823–826. Nat Biotechnol, 2013, 31, 227–229. Nat Biotechnol, 2013, 31, 230–232. Nat Biotechnol, 2013, 31, 233–239. 2013年明星 公司推出产品 * 1. 1987年，就发现在E. coli的alkaline phosphatase (iap)基因附近有这样的重复序列存在。2. 直到2002年，发现这样的序列在细菌和古菌中广泛存在，将其命名为CRISPR，它们的功能是未知的，尽管对它们进行了许多猜测。3. 2005 年，转折点出现，有人发现重复序列所间隔序列与噬菌体或质粒序列同源，暗示了这些序列可能与细菌免疫有关。4. 2007年，研究报道CRISPR-Cas系统可以提供噬菌体抗性。2008年，CRISPR可以限制质粒的转移。5. CRISPR-Cas细菌免疫系统的机制被逐渐展开。6. 2013，CRISPR-Cas应用于基因组编辑与基因表达调控 CRISPR-Cas: bacterial imunune system 诺贝尔奖级别的发现 Annu. Rev