第九章蛋白质结构讲述.ppt

（二）比较建模法预测蛋白质高级结构 比较建模法又称为同源建模法（Homology modeling），它是基于进化相关的序列具有相似的三维结构，且进化过程中三维结构比序列保守而利用进化相关的结构模板信息建模。 1. 比较建模的原理 2. 比较建模的基本步骤 ①将靶序列作为查询序列来搜索PDB ②将靶序列和模板序列进行序列比对 ③以模板结构骨架作为模型，建立靶蛋白质骨架模型 ④对侧链建模，包括构建环区（loops）和侧链，优化侧链位置，并从模板结构到靶精炼整个模型 ⑤优化和评估产生的模型。 3. 比较建模法的局限性 传统的比较建模是通过PSI-BLAST找到已知结构的相关蛋白。最近如进行profile－profile比较和有效利用结构信息的更加复杂的方法已显著增加了不仅比对的质量而且远程同源(remote homologue)检测的能力。因此，比较建模和折叠识别在基于模板的建模方法中的区别现已十分模糊。开发新的比较建模和折叠识别的算法导致网上各种预测方法的出现，这包括结构预测meta-服务器。 蛋白质三维结构预测服务通过因特网对公众免费开放(同源建模)： 瑞士生物信息研究所 SWISS-MODEL 丹麦技术大学生物序列分析中心 CPHmodels 比利时拿摩大学 ESyPred3D 英国癌症研究中心 3DJigsaw 4. 常用建模服务器和软件简介 Acc