生物信息学常用算法简介.pptVIP

生物信息学常用算法简介 北京大学生物信息中心 北京基因组研究所 李松岗 lsg@pku.eud.cn 010常用算法1：动态规划 动态规划算法是一种优化算法，它本质上是一种有效的穷举法。 它的基本想法是最优路径上的每一段都应该是局部的最优路径。 动态规划算法的典型应用：序列比对。 序列比对应用举例 序列组装 进化分析 保守区发现 蛋白质结构与功能预测 cDNA的基因组定位 基因结构与功能分析 序列比对模型 类型：全局比对与局部比对 需考虑的因素：替换，插入，删除 例：AGCTA–CGTACATACC AGCTAGCGTA– –TAGC 打分系统：替换矩阵。记为： σ(a,b) 其中a, b为我们考虑的字符集中的元素。 比对算法的目标，就是找到在给定打分系统下，得分最高的比对方式。 动态规划算法（全局比对） 两序列：A=a1a2a3……am B=b1b2b3……bn 用Ai，Bj分别表示上述序列的前i个和前j个碱基。 矩阵元素S(i, j)表示Ai，Bj所有可能比对中的最高得分。则有递推公式： S(i, j)=max{S(i-1, j-1)+σ(ai,bj)， S(i, j-1)+σ(–,b)，S(i-