化工文件格式.doc

化工文件格式 这篇文章谈论一些共同的分子文件格式，包括用法和转换在他们之间。 它也列出几个来源为自由得到关于互联网的化工数据。 通常提供化工信息 文件 或 小河 并且许多格式创造了，以不同程度文献。 格式可以通过三个手段发现(参见化工MIME部分) 文件扩展名 (通常3封信件)。 这用途广泛，但易碎作为共同的词尾例如“.mol”和” .dat由许多系统使用，包括非化学制品一个。 自已描述文件 那里格式信息在文件包括。 例子是CIF和CML。 chemical/MIME类型 由一台化工明白的服务器增加。 内容 1 化工数据的来源 2 化工标记语言 3 蛋白质数据库格式 4 GROMACS格式 5 CHARMM格式 6 Ghemical文件格式 7 SYBYL线记法 8 微笑 9 其他共同性格式 10 转换在格式之间 11 化学制品MIME项目 12 化学制品MIME支持 13 参见 14 参考 15 外部链接 化工数据的来源 这自由地可利用的分子数据的来源一个最后的名单。 比这里被列出有许多资源那里在互联网。 这些来源的链接在参考如下被给。 美国 健康全国学院 PubChem 数据库是化工数据的一个巨大的来源。 所有数据在二维度。 数据包括SDF、微笑、PubChem XML和PubChem ASN1格式。 蛋白质数据库是一个优秀蛋白质来源分子数据。 数据是三维和，假设以蛋白质数据库(PDB)格式。 eMolecules 是一个商业数据库为分子数据。 数据包括一张二维结构图和微笑串为其中每一化合物。 eMolecules支持根据分子结构的部分的快速亚结构搜寻。 ChemExper是一个商业数据库为分子数据。 查寻结果包括一张二维结构图和一个痣文件为许多化合物。 纽约三维分子结构大学图书馆。 美国环境保护代办处分布的结构搜查的毒力(DSSTox)数据库网络是EPA的计算毒素学节目项目。 数据库提供SDF分子文件以焦点在致癌物质和否则毒性物质。 化工标记语言 化工标记语言 (CML)是一个开放标准为代表分子和其他化工数据。 开放来源项目包括XML图解、原始代码为解析和与CML数据一起使用和一个活跃社区。 为与化工标记语言一起使用和XML的文章工具为化学和生物科学较详细地谈论CML。 CML数据文件由许多工具接受，包括JChemPaint， Jmol, XDrawChem 并且MarvinView。 蛋白质数据库格式 蛋白质数据库格式 为蛋白质是常用的，但它可以为分子的其他类型使用。 它最初被设计了作为固定专栏宽度格式和正式地因而有原子的一个固定最大数字; 然而，许多工具可能读超出极限的文件。 某一PDB文件包含描述原子连通性的一个任意部分并且位置。 由于这些文件有时用于描述代表的大分子汇编或分子 明确溶剂他们可以增长非常大并且经常是压缩的。 有些工具，例如 Jmol能读PDB文件gzipped格式。 PDB 维护PDB文件格式和它的XML选择， PDBML的规格。 典型的文件扩展名为PDB文件是 .pdb，虽然一些更旧的文件用途 .ent 或 .brk. 一些分子塑造的工具写适应基本格式他们自己的需要的非标准PDB样式文件。 GROMACS格式 GROMACS文件格式家庭被创造了为使用与分子模仿软件包裹 GROMACS. 它严密类似PDB格式，但为存放产品设计从 分子动力学 模仿，因此它考虑到另外的数字精确度和任意地保留关于微粒的信息 速度 并且位置在特定点在模仿弹道。 它没考虑到连通性信息存贮，在GROMACS得到从分开的分子和系统拓扑结构文件。 典型的文件扩展名为GROMACS文件是 .gro. CHARMM格式 CHARMM 分子动力学包裹可能读和写一定数量的标准化学制品和生物化学的文件格式; 然而，卡片(座标)和PSF (蛋白质结构 文件)对CHARMM是主要独特的。 卡片形式是固定专栏宽度，类似PDB格式和为存放原子座标完全使用。 PSF文件包含描述原子债券)的原子连通性信息(和在开始模仿之前需要。 半新的典型的文件扩展名是 .crd 并且 .psf 分别。 Ghemical文件格式 Ghemical 软件可能使用OpenBabel进口和出口一定数量的文件格式。 然而，默认情况下，它使用GPR格式。 这个文件由几个零件编辑，分离由标记(! 倒栽跳水，! 信息，! 原子，! 债券，! Coord，! PartialCharges和! 末端)。 提出的MIME类型为这个格式是 application/x-ghemical. SYBYL线记法 SYBYL线记法 (SLN)是化学制品 线记法. 凭微笑，它合并完全句法为指定相对立体化学。 SLN有考虑到Markush询问的规格的富有