第五章蛋白质的三维结构(二)解决方案.ppt

Zinc-finger motif Three secondary structures (an ?-helix and 2 ?-strands with an anti-parallel arrangement) form a finger-like bundle held together by a zinc ion. Often found in DNA- and RNA-binding proteins. 二. 结构域 第七节 球状蛋白质与三级结构 一. 球状蛋白质的分类：（根据结构域） 1．全α—结构（反平行α螺旋）蛋白质： （1）反平行螺旋束：最常见的是四螺旋束，活性部位——螺旋束的一端，由不同螺旋上的残基构成。 （2）珠蛋白型α—螺旋蛋白：（珠蛋白包括去血红素的肌红蛋白和血红蛋白） 一级结构上相邻的两个螺旋采取接近相互垂直的取向。整条多肽链折叠成两层α—螺旋，两层螺旋交叉堆叠。 2．α，β—结构（平行或混合型β折叠片）蛋白质： （1）单绕平行β桶：内桶——由8个平行β折叠股环形排列，具高度对称性，由肽链按Rossman折叠方式（βαβ）单向卷绕而成。 （2）双绕平行β片：α、β—结构的中间是由4—9个平行的β折叠股或混合型的β折叠股构成的开放β片（马鞍形扭曲片）。β折叠片的两侧是α螺旋和环状区段。也是由βαβ单元装配成，但连接方式与平行β桶不同。核苷酸结合部位位于β折叠片中肽链改变方向处的一个裂隙内。 3．全β—结构（反平行β折叠片）蛋白质： 由4—10个β折叠股构成。 4．富含金属或二硫键（小的不规则）蛋白质： 许多小于100AA的小蛋白质或结构域往往不规则，只有很少量的二级结构，但富含金属或二硫键。它们对蛋白质构象起稳定作用。 二．球状蛋白质三维结构的特征：1．球状蛋白质分子含多种二级结构元件：2．球状蛋白质三维结构具有明显的折叠层次： 装配成结构域或三级结构： （对于单结构域蛋白或亚基）二级结构 超二级结构  两个或多个结构域装配成三级结构： （对于多结构域蛋白或亚基）3．球状蛋白质分子是紧密的球状或椭球状实体： 什么是装配密度？ 活性部位装配密度低——是酶与底物、别构酶与调节物 、 蛋白与效应物相互作用的结构基础。 4．球状蛋白质疏水侧链埋藏在分子内部，亲水侧链暴露在分子表面： 疏水核心几乎全部由β折叠片和α螺旋组成。多数α螺旋是两亲性螺旋。5．球状蛋白质分子的表面有一个空穴（裂光、凹槽、口袋）： 它常是结合底物、效应物等配体并行使生物功能的活性部位。空穴周围分布着许多疏水侧链。 第八节 膜蛋白的结构 膜周边蛋白质：包括： 膜内在蛋白质： 脂锚定蛋白质：1. 膜内在蛋白质：  第一种类型：血型糖蛋白 第二种类型： 7个跨膜肽段的膜蛋白 （细菌紫膜红质） β桶型膜蛋白——膜孔蛋白 2. 脂锚定蛋白质：  A 酰胺——连接豆蔻酰锚钩 B 硫酯——连接脂肪酰锚钩 C 硫醚——连接异戊烯基锚钩 D 酰胺——连接糖基磷脂酰肌醇锚钩。 一. 蛋白质的变性： 定义： 变性的本质： 变性产生的后果  变性剂  去污剂  复性 二．氨基酸序列决定蛋白质的三维结构 1．核糖核酸酶的变性与复性实验： 2．二硫桥在稳定蛋白质构象中的作用 第十节 亚基缔合和四级结构 一．概念： 二．四级缔合的驱动力 同种缔合：相互作用的表面是 相同的，形成 封闭的二聚 相同亚基之间 体，具有一个2重对称轴。 亚基缔合 异种缔合：相互作用的表面是 不同的，开放末端的缔合。 不同亚基之间 Dihedral(两面角) 五．四级缔合在结构和功能上的优越性 1．增强结构稳定性： 2．提高遗传经济性和效率： 3．使催化基团汇集在一起： 4. 具有协同性和别构效应