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一、【沉默基因】是指在自然条件下存在于菌体中，处于不表达或者极低的表达水平，但在特定条件下可以被激活而表达活性产物的DNA序列。早在1980年提出了通过基因克隆、诱变处理、菌株或种间自然结合及原生质体融合等方式激活沉默基因，现有的激活沉默基因的方法很多，根据它们设计的思路不同，本文将现有的方法分成遗传学方法、生态学方法和化学方法3类。遗传学方法主要利用基因工程技术，通过在非同源宿主中表达完整的基因簇或者改变细胞间转录条件或者改变蛋白质合成机制等方式实现。因此提高次级代谢产物的合成量可以通过改变调控、核糖体功能、蛋白修饰和染色体修饰等实现。基于许多次生代谢生物合成基因簇具有的共同特点，即包含一个或者多个具有编码转录因子进而转录所有基因。在生物体内，遵从分子遗传操作诱导型启动子可以替代转录因子的启动子。通过对转录因子的合成能够实现反应从自然控制到实验者控制的转变。从而实现转录因子的高表达，最终使得基因簇中所有的基因被激活表达出活性产物。这一方法的优点是靶基因能够立刻产生代谢产物并且能提供大量的潜在产物。但这种方法不适用于那些没有转录因子的基因。除了利用基因簇特定的转录因子之外，还有利用次生代谢基因表达的最普通的调节因子。1.核糖体工程，通过靶向核蛋白S12或RNA聚合酶（RNAP）来提供抗生素的产量。理论依据是改变转录和转录机制可以大量增加细菌基因的表达。不少抗生素（如链霉素），靶向核糖体后，会产生抗生素抗性的突变核糖体并可经简单的突变选择挑选出来。在生物体中，这样的核糖体工程方法可以激活一个或一些沉默基因，而不是所有的生物合成基因簇，因而也不会激活特定的生物合成基因簇。2.干扰蛋白质降解系统，大多数核蛋白和细胞质蛋白包括一些转录激活因子都会经蛋白酶途径降解，这一过程需要泛素标记的靶蛋白。多蛋白COP90信号复合物（CSN）对控制这一过程起着关键作用。CSN的第五个亚基CSN5/CsnE具有酶催化活性，可以将泛素类蛋白Nedd8从卡林E3泛素连接酶上分离下来。通过将Nedd8共价连接到卡林的赖氨酸残基能够激活控制细胞内泛素标记的蛋白降解过程的E3酶。而控制CSN5/CsnE的基因在真核细胞中是高度保守的，一旦缺失将导致动植物胚胎的死亡，但从真菌中的突变菌株中可以分离到具有新活性的次级代谢产物。 生态学方法：结合生态学考虑的方法，也被叫作OSMAC，通过改变微生物的发酵培养条件获得新化合物的方法，相应操作参数为介质成分，通气率，培养容器的型号以及外加的酶抑制剂等。1、借助于种间的交互作用，共同培养是一种诱导产生独特活性的次级代谢产物的有效方法，该方法主要利用次级代谢产物与其他生物体的竞争作用产生的某种灵敏机制，这种机制通常发挥着对产物和环境的协调作用。激活沉默基因可以借助于可以发生相互作用的外源菌株，从而获得具有新活性的代谢产物。2、稀土元素处理，稀土元素包括钪、钇钇alchivemycin A) 抗性放线紫红素 未知化合物417.103和433.097 m/z 放线紫红素 双烯双炔类抗生素 双烯双炔类抗生素是指含有双烯双炔共轭大环发色团核心结构的一类抗生素。其发色团中心活化后可形成芳香型游离基,当其靶向进入肿瘤细胞后可与DNA 分子链结合,迅速夺取两个来自DNA 的氢原子,使肿瘤细胞的DNA 断裂,因此具有非常强的抗肿瘤活性，被认为是迄今为止抗肿瘤活性最强的一类抗生素。 新制癌菌素（NCS）含蛋白质与双烯二炔生色团，它的抗肿瘤功能源于蛋白质释放的生色团。经由硫醇攻击活化后，烯二炔启动苯环化反应，产生自由基，造成细胞伤害。NCS由九个双烯核心，一个脱氧氨基糖，和一份萘酸组成。NCS生色团的萘甲酸成分扮演着两个重要的角色：一是有助于NCS生色团与其载体蛋白Apo-NCS连接, Apo-NCS保护、运载、传递药物到DNA靶点；另一个是嵌入DNA，促使NCS生色团定位在小沟内。NCS在临床上用于治疗白血病和其他多种癌症，在摩尔浓度下即可抑制肿瘤细胞生长。 生色团的屏蔽保护机制：菌体产生NCS经硫醇诱导芳环化而活化，表现出高的抗癌活性和细胞毒性。为了不让抗生素失活，又不使产生的抗生素作用于自身，菌体巧妙地在载体蛋白结合孔穴内分布两个天冬氨酸残基，阻止环境中酸性硫醇的靠近，避免对抗生素的失活；同时自身表达中性硫醇诱导NCS产生芳环化反应。 2 种机制 关键角色 维持蛋白质稳定性 硫醇诱导的NCS芳环化反应 生色团的屏蔽保护机制 蛋白质弹性力学参与化学催化机制 负电荷排斥保护生色团, 真菌硫醇进入蛋白穴口 二硫键Cys37-Cys47扮演重要角色 细菌演化出单一的屏蔽功能 NCS的结合和释放机制：完整的NCS(Holo-NCS）由两部分组成，载脂蛋白(Apo-NCS)和生色团(NCS-C)。NCS生色团的萘基团被深深埋于疏水性