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一、名词解生物信息学bioinformaticsDotplot算法分子钟molecular clock隐马尔科夫模型hidden Markov model, HMMGene Ontology, GOmolecular phylogenetic tree序列比对sequence alignment空位罚分线性空位罚分 constant gap penalty多序列比对关系数据库Dayhoff突变数据矩阵BLOSUM矩阵blocks substitution matrix蛋白质结构分类数据库SCOP（structural classification of proteins）CATH蛋白质结构分类数据库系统发育树物种树基因树有根数、无根树最大似然法同源建模蛋白质结构预测蛋白质结构从头预测法蛋白质折叠FASTA-ALLNCBIEBIGenBankEntrezSRS系统同源性homology、同一性identity、形似性similarityneutral theory of molecular evolution最小二乘法neighbor-joinning methodmaximum parsimony基因组注释基因组学蛋白质组学PDBMEGA软件PHYLIP软件动态规划算法 dynamic programming algorithmSmith-Waterman algorithmNeedleman-Wunsch算法BLAST，BLASTn, BLASTp复习思考题1. 什么是生物信息学？其主要应用有哪些？2. 简述生物信息学发展史上重大的标志性成果？ 3. 有人说生物将是下一场技术革命的热土，你认为生物信息学将对生物产业化有哪些方面的贡献？4.什么是生物学数据库？请举例说明。5. 一级数据库与二级数据库的区别是什么，请举例说明？6． Entrez的检索途径有哪些？7.为什么要进行序列比对？以核酸双序列比对为例简述序列比对的基本原理。8. 假设两条序列：catgt和acgctg。利用动态规划方法来进行序列全局比对分析（完成比对矩阵，并找到最佳比对。记分方法：匹配得分为2，失配得分为-1，空位罚分为-1。）。01c2a3t4g5t00-1-2-3-4-51 a-12 c-23 g-34 c-45 t-56 g-69. 假设两条序列：CACGA和CGA。利用Smith-Waterman算法来进行序列比对分析（建立比对矩阵，并找到最佳比对。记分方法：匹配得分为1，失配得分为0，空位罚分为-1。）。 10. 假设两条序列：CACGA和CGA。利用S. Needleman与C. Wunsch动态规划方法来进行序列比对分析（建立比对矩阵，并找到最佳比对。记分方法：匹配得分为1，失配得分为0，空位罚分为-1。）。11. 简述蛋白质二级结构预测流程。12. 简述蛋白质三级结构同源建模预测流程。13.为什么要进行蛋白质结构比对？简述蛋白质结构比对的基本原理。14.为什么说蛋白质高级结构是由一级结构决定的？15. 简述蛋白质编码基因预测流程。16．简述基因组注释的基本流。17. 如何从头预测真核生物蛋白质编码基因？18.简述利用邻近法构建系统发育树的基本思想。19.简述UPGMA法构建系统发育树的基本思想。20. 简叙最大简约构建系统发育树的基本思想。20.设有4段序列，分别为：A：TAGG; B:TACG; C:AAGC; D:AGCC。利用UPGMA方法构建系统发育树。21.设有4段序列，分别为：A：TAGG; B:TACG; C:AAGC; D:AGCC。利用邻近法构建系统发育树。22. 什么是中性学说？中性学说对分子进化有什么影响？23. 你认为生物信息学学习需要掌握哪些基本的计算机基础？生物学基础？数学基础？24.什么是分子钟假说？25.简述构建系统发育树的步骤。三、文献阅读1. Welcome to the UCSC Genome Browser website. This site contains the reference sequence and working draft assemblies for a large collection of genomes. It also provides portals to the ENCODE and Neandertal projects.We encourage you to explore these sequences with our tools. The Genome Browser zooms and scrolls over chromosomes, showing the work of annotators worldwide. The Ge