拓扑教程.ppt

此处命名要为：1 拓扑软件的使用流程（MOF-5为例） 点击这个笔状（Run IsoCryst ）的图形，弹出这个窗口 一般都不用重新设置，【重新设置：点Default键，Matrix(选 Sectors、Solid Ang.、Dist. +Rsds、 Atom) 】 Zn4O结构 再次点击点击这个笔状（Run IsoCryst ）的图形，仔细查看配位环境，发现MOF-5为Zn4O构型，只需断开对苯二甲酸的C-O键，即可把Zn4O作为节点断开 再找到C-O键，将其设置为氢键，点save即可 双击这个，弹出这个窗口 发现结构已经分为Zn4O和配体两部分了 再次查看配位环境 点击Options，具体设置如下图所示 点击Run ADS 命名为1 点击Run 发现拓扑已经简化，但是还有很多游离的分子，有时候还有错误的单连接 新窗口，再点击笔 点击OK即可，再次点击笔查看构型，如图所示 按图点击，可以除去游离的东西 把Save Centroid的勾取消，点击OK即可 再次运行ADS，点击其中Options 点击Element,再点击Ti，点击OK,发现Ti变黑了，再点击OK，弹出了下页的窗口 点击Run 简化拓扑后的键长 拓扑的连接方式以及拓扑的符号 如图所示的点击，随便起个名存成CIF的文件，在Diamond中方便继续画图 打开简化拓扑的CIF 点击这个 点击红圈 发现原子不是连接着的 点击完成 参照第13页PPT可以知道Ti-Ti键长为12.916?，我们将红圈的键长改为13吧（大于12.916即可，也别太大）；再点Connect Now。 点击连接性的按钮 最后得到这样的拓扑图 * 拓扑软件的使用流程（MOF-5为例） 点击这个两个圈（Run AutoCn）的图形，弹出这个窗口 可以查看配位环境 拓扑软件的使用流程（MOF-5为例） 拓扑软件的使用流程（MOF-5为例） 拓扑软件的使用流程（MOF-5为例） 拓扑软件的使用流程（MOF-5为例） 拓扑软件的使用流程（MOF-5为例） 点击Whole Molecule,弹出新的窗口，见下页PPT 拓扑软件的使用流程（MOF-5为例） 拓扑软件的使用流程（MOF-5为例） 拓扑软件的使用流程（MOF-5为例） 拓扑软件的使用流程（MOF-5为例） 拓扑软件的使用流程（MOF-5为例） 拓扑软件的使用流程（MOF-5为例） 拓扑软件的使用流程（MOF-5为例） Diamond软件继续画MOF-5拓扑 的使用流程 Diamond软件继续画MOF-5拓扑 的使用流程 Diamond软件继续画MOF-5拓扑 的使用流程 Diamond软件继续画MOF-5拓扑 的使用流程 Diamond软件继续画MOF-5拓扑 的使用流程 *