MaterialsStudio_V01案例.docx

Materials Studio教程初级培训班创腾科技有限公司 MS产品技术部Copyright ?2013, Neotrident Technology Ltd. All rights reserved1. Materials Visualizer的使用1.1 管理Project当你在进行各种分子模拟工作的时候，Materials Studio软件会生成具有不同文件名以及不同后缀的文档。为使这些文档的管理工作变得更简单，Materials Visualizer有一个叫做Project Explorer的文件管理器，它与一些高级程序语言包如VC++的文档管理系统相似，你可以藉由这个管理器生成自己的文件夹和文档，并订制文档组织以帮助你纪录所做的工作。1.1.1 Project的细目分类本节以一个Project为例，只用于示范目的，不牵涉到任何要完成的工作。在这个例子中，一个m-二甲苯已经被导入并进行了最小化，然后执行了动力学运算并对其进行了分析。现在对其进行细分来反映每一步在Project管理中的变化。输入m-二甲苯结构优化后，一个m-xylene Forcite Geomopt文件夹出现。最小化后的结构被放到了此文件夹下(以蓝色高亮显示)。m-xylene.txt文档包含了Forcite plus计算中的信息c) 执行完动力学计算后，数据被放置到m-xylene Forcite Dynamics文件夹下，m-xylene.xtd是轨迹文档，包含了动力学模拟情况。这是一个标准计算的布局图。每一个新的计算都基于前一个计算的结果，新的子文件夹将加入到文件树中。这就允许你按照文件树来查询试验路径。1.1.2使用自动保存MS Modeling中有自动保存功能，会在指定的时间间隔内将文档的变化自动保存到硬盘上。如果你需要在一定时间内自动保存文件，那么请确定该选项被打开，如果必须的话，请设定两次更新之间的时间间隔。从Tools菜单中选择Options...。在General栏中，确保Enable AutoSave被选中，且时间间隔为10分钟。如果MS Modeling被意外关闭，例如断电或者计算机重起，而在此之间你有一次机会保存工作，那么在重起之后就会有机会恢复当前Project最后一次自动保存时的文档。注意：恢复的选项只有一次，如果拒绝恢复自动保存文件，那么这些硬盘上的信息就会被删除。此外，你可以通过在Folder Locations栏中指定位置来手动恢复自动保存的文档。在Options中选择Folder Locations。检查AutoSave文件夹的默认位置。1.1.3输入模型下一步是输入一个模型，以查看它会出现在Project Explorer的哪一个层次上。输入文件后，会出现扩展名为.xsd的文件，其位置在Project Explorer中junior图标下的第一层。如果你没有看到扩展名，那么请在Windows文件浏览器的文件夹选项部分取消“隐藏文件扩展名”一项前的勾。1.1.4产生表格文档生成一些文档进行处理。这可以通过运行粉末图案计算来快速完成。在这里不需要进行分析，因为我们的目的只是为了查看文档操纵。粉末衍射通过Reflex模块来实现。可以通过Modules菜单或者Modules工具栏访问该模块。从Modules工具栏或者Modules菜单选择Reflex工具，然后选择Powder Diffraction。由于不使用其结果进行任何科学研究，因此不需要改变任何参数。计算之后出现了两个文档，一个叫做.xsd，另一个为.xcd。其中.xcd为图表文件。在之后，我们会继续产生一个不同结构的图表，因此可以将当前结构和图表放置到一个文件夹内以保持Project Explorer整洁。1.1.5产生新文件夹并移动文档单击选择Project Explorer中的任何文件夹，New Folder按钮将被激活。按下此按钮将生成一个新的文件夹，其名称默认为New Folder，可以改变其名称以更适合。注意：新生成文件夹的位置有所选择文件夹确定在要移动的文档上按下鼠标左键，并将其脱拽到该文件夹中，放开鼠标，此文件即被移动到新文件夹内。1.1.6 加入并重命名HTML文档MS Modeling中也有一个重要功能，就是将HTML文档加入到Projects中。该文档可以在你工作的时候纪录实验的注释或计算设置。HTML文档比文本文档更有用，它允许将文本导入到任何支持HTML的文字处理程序中，同时它也更容易进行共享。如果你已经产生了一个文档，它会自动加入到当前所选的文件夹中。1.1.7保存一个Project现在有一些结果需要进行保存。从File菜单中选择Save Project。所有的文档都被保存到Project中并且保持现有状态。如果你现在有一个包含