基于简化能量函数和遗传算法的蛋白质结构预测.pdfVIP

基于简化能量函数和遗传算法的蛋白质结构预测木 卢全国“2，陈定方‘，毛黎明1，武瑞婵17,王仲君1 (1，武汉理工大学，智能制造与控制研究所，湖北武汉430063) (2，南昌工程学院，机电工程系，江西南昌330007) (!坠gg运n堕垂!：业坠!：曼鱼型：立堕) 摘要：蛋白质折叠热力学假说认为天然结构下的蛋白质的自由能是全局最小值。本文将已有蛋白质能 量函数与HP二给格子模型相结合，构建了～种简化的能量函数，运用遗传算法进行了结构求解。最后给出 了四个计算实例，并进行了参数性能的讨论。 关键词：蛋白质结构HP格予模型简化能量函数遗传算法 ResearchonPredicationofProteinsStructureBasedonGA Lu Chen Mao WuRuichan QuanguoDingfangLiming WangZhongiing Abstract：The outthatthe structureofa isencodedits thermodynamicpoints tertiary by hypothesis protein the structureofit istheconformationwithminimalfree structure，anduniquetertiary energy．thepaper primary l iP a functiontraditionfunctionand latticemodel．Basedon of presentssimpleenergy by energy GA，fourtypes were the effectof werediscussedinthe structure end，the protein predicted．In parameters paper． HP structure，lattice energyfunction，GA Keywords：Protein model，simple 1引言 蛋白质(protein)是生命活动的主要承担者，对其结构及其功能进行研究对揭开生命 的秘密有着很重要的意义，蛋白质的空间结构决定了蛋白质的功能。类似于NldR和X-rays 这样的实验方法是当前获得蛋白质空间结构的主要方法。但是这些方法存在诸多缺陷，例如， 效率低，费用高，特别是当蛋白质分子量较大时，实验方法几乎无效川。 因此，蛋白质结构的理论预测(如图1)就成为当前生物信息学研究的热点之一。蛋白 质结构的理论预测方法都是建立在氨基酸的一级结构决定高级结构的理论基础上，方法有同 源建模法、反向折叠法和从头预测法等嵋1。 从头预测法有很多种，其中最主要的是不依赖二级结构预测的结果，直接预测三维结构 的方法。借用分子动力学和分子热力学方法，对整个构象空间进行搜索，找出能量最低的构 象作为最后的预测构象。这种方法建立在热力学原理基础之上，而不需要任何已知结构信息。 ’基金项目：国家自然科学基金项目“基于自动机网络的蛋自质折叠协同模型的应用研究” l4|∞ 本文的工作属于从头预测法范畴。将已有蛋白质能量函数与HP二给格子模型相结 合，构建了一种简化的能量函数，并运用遗传算法进行了结构求解。 豳1从氨基酸序列预测蛋臼质空间结构 2简化能量函数 按照Anfis