基于组合核的蛋白质交互关系抽取.pdfVIP

第 27卷 第 1期 中文信息学报 Vo1．27，NO． 1 2013年 1月 J()URNAL ()FCHINESE INFORMATI()N PR()CESSING Jan．，2()13 文章编号 ：1003—0077(2013)01—0086—07 基于组合核的蛋 白质交互关系抽取 李丽双 ，刘 洋 ，黄德根 (大连理工大学 计算机学院，辽宁 大连 u6023) 摘 要 ：蛋 白质交互关系(PPI)抽取是生物 医学信 息抽取领域 的一个重要部分，具有很高的应用价值和实际意义。 该 文使 用一种基 于SVM 的组合核 方法进 行蛋 白质关 系抽 取 ，将基 于特征 的平 面核 和基 于结构 的卷 积树 核组 合。 一 棵完整的句法解析树 中包含 了较多噪声，需对其修剪以提高PPI抽取效果。首先讨论不 同的树的剪裁策略对实 验 结果 的影响 ，分别使用 完全树、最 小完全树 、最小树和最短路 径闭包树 进行 实验 ，最短路径 闭包树效果 最好 ；然后 在最短路径 闭包树的基础上提 出一种动态拓展树 ，该树取得 了明显优于其他解析树 的效果 。最后基于组合核在 AIMED上进行 10倍 交叉 实验 ，精确 率、召回率和 F值 分别达到 了82．4O 、51．3O 和 63．23 。 关键词 ：蛋 白质交互关 系抽 取 ；SVM；树核 ；组合核 ；修 剪策略 中图分类号 ：TP391 文献标识码 ：A Protein—Protein InteractionExtractionBasedonEnsembleKernel LILishuang，IiuYang。HUANG Degen (SchoolofComputerScienceandTechnology，DalianUniversityofTechnology，Dalian，Iiaoning 116023，China) Abstract：ProteinProteinInteraction(PPI)extractionisimportantinthefieldofbiomedicalinformationextractionfor itshighapplicationvalue．Thispaperappliesthesupportvectormachine(SVM)tOextractPPI，specifically，with anensemblekernelcombinedwithpolynomialkernelandconvolutiontreekerne1．Toaddressthepruningofacorn pletesyntaxparsingtreewhichcontainstoomuchnoise，wediscusstheinfluenceofdifferentpruningstrategiesto theexperimentalresultswiththecompletetree，minimum completetree，theminimum treeandtheshortestpath enclosedtree，findingthelastonetObethebestchoice．Onthebasisoftheshortestpathenclosedtree，wepropose adynamicextendedtreewithbetterresultsthanothersyntaxparsingtree．Finally，weusetheensemblekernelto extractPPIontheAIMED corporawith 10一foldcross—validation，with theprecision，recallandF—scorereaching 82．4O ，51．3O and63．23 ，respectively． Keywords：PPI；SVM ；convolutiontreekernel；e