基础并行软件平台建设与应用综述.pdfVIP

602005高性能计算应用大会 “基础并行软件平台建设与应用综述 程强迟学斌冯仰德王建赵永华 陈江赵韬 (中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心，100080) 【摘要】“基础并行软件平台建设与应用”是中国科学院“十五”信息化建设规划项目“超级计算环境建 设与应用”的重要内容之一。本文介绍了该项目开发的背景和内容，以及九大并行数值软件的基本概况、 基本功能和简要评价。简单介绍了我们目前的工作进展、 “基础并行软件平台建设”的前景和意义。 关键词：基础并行软件平台，科学计算 通过计算手段进行重大科学发现，已普遍 发服务，主要包括以下三个方面的内容： 为人们所共识。从传统科学与工程领域如航空航 九个并行数值软件的移植及其性能优化。包 天、地震预报、气候预测、大型水利建设和石油 括可移植、可扩展科学计算工具箱(PETSc)、 地质勘探，到大型基因组测试、新药设计和新材 大型稀疏线性方程组并行迭代求解(AZTEC)、 料合成等新兴科学研究领域，无处不需要大规模 高级最优化工具箱(TAO)、非线性与微分／ 数值模拟和科学计算。在当今社会，科学计算已 逐渐成为影响和关系到一个国家的经济发展、科 技进步和国家安全的关键性环节。 行求解(PARPACK)和无结构网格上的区域分解 2002年10月，中国科学院确立了“十 (DOUG)等内容。 五”信息化建设规划项目“超级计算环境建设与 自主开发几个高性能数值与并行计算软件 应用”，而“基础并行软件平台建设”又为其核 包。主要包括并行特征值求解器(PSEPS)、自 心内容之--[¨。它以基础并行软件环境开发为主 动微分转换系统(DFT)、自动伴随生成器系统 要目标，广泛搜集目前流行的数值和并行应用软 (ADG)和并行多维傅里叶软件包(PMDFFT) 件，进行深层次研究和开发，改进和提高计算性 等内容。 能，最终移植到特定计算环境(如深腾6800机群 举办用户培训和相关学术会议，推动并行 系统)上，供国内从事科学计算的广大科技人员 软件的应用和研究开发。包括PETSc、TAO、 共享。 DOUG等基础并行数值软件包的应用程序开发， 目前，我们完成了PETSc、TAO、FFTW、以及并行算法研究及其相关内容。 DOUG、PARPACK等系列并行数值软件在深腾 1软件介绍 6800和曙光2000并行机器上的系列开发和测试 工作，这包括应用和开发两个方面的目标。一方 面，我们希望通过这些相对成熟的并行软件在 1．1可扩展可移植科学计算工具箱(PETSc) Toolkitfor 一些典型应用上的成功来改变或导向人们传统 PETSc(Portable，Extensible 的“从无到有”编程思路，我们希望科学家与工 Scientific 程师们能够更多的依赖这些成熟的、高性能的软 验室开发的可移植可扩展科学计算工具箱，主 件资源来做高层次的应用程序开发，从而获得可 要用于高性能求解偏微分方程组及相关问题|2】。 比较性的性能提高。另一方面，任何软件的完善 PETSc用C语言开发，遵循面向对象设计的基本 性和可靠性都是相对的，对不同的应用和不同的 特征，用户可以基于PETSc对象灵活开发应用 体系结构会有不