全基因组芯片扫描研究shroom2基因与先天性肥厚性幽门狭窄的相关性.pdfVIP

· ·20 中华生物医学工程杂志206年6月第22卷第3期 ChnJBo edEng，June20 6，Vol 22，No3 ·生物技术 · 全基因组芯片扫描研究shroom2基因与先天性 肥厚性幽门狭窄的相关性 余伟诗 冯志强 聂玉强 【摘要】 目的 全基因组范围探讨先天性肥厚性幽门狭窄（CHPS）发病的相关基因。方法 选 择2006年8月至2010年10月就诊于广州市第 人民医院的CHPS患儿31例及其父母双亲为研究对 象，所有入选者均为汉族。对其中23个CHPS患儿及其父母组成的核心家系采用Affymetrix GencChip?GenomeWideHumanMappingSNP6.0芯片进行全基因组芯片扫描，判断每个单核苷酸多态 性（SNP）位点及基因型，应用传递不平衡检验（TDT）判断基因型与CHPS发病的关系。选择全基因组 芯片扫描发现的有统计学意义的位点，扩大样本（31个CHPS核心家系）进行PCR及测序，进 步验证 其基因型与CHPS的相关性。结果 共有894135个SNP在所有23个核心家系成员中被扫描出来，总 体扫描成功率达98.63%。全基因组芯片扫描结果采用GenotypingConsole4.1.3软件分析每个SNP的基 因型。考虑CHPS男性发病远高于女性的特点，通过全基因组扫描结合HardyWeinberg平衡及P值大 小，选择位于X染色体上的Shroom2基因相关SNP位点进行验证。最终选择rc.4423AG］扩 大样本利用PCR及测序方法进行验证，测序结果TDT分析显示其与CHPS发病密切相关（χ2=6.25，P= 0.012）。结论 shroom2基因与中国汉族人群CHPS发病密切相关。 【关键词】 基因，Shroom2；寡核苷酸序列分析； 幽门狭窄，肥厚性 基金项目：广东省自然科学基金（S2012040007771） Correlationbetweenshroom2geneandcongenitalhypertrophicpyloricstenosis：agenome?wide association study Yu Weishi，Feng Zhiqiang，Nie Yuqiang. Digestive Disease Center in Guangzhou， GuangzhouKeyLaboratoryofDigestiveDiseases，DepartmentofGastroenterology，GuangzhouFirstMunicipal PeoplesHospital，GuangzhouMedicalUniversity，Guangzhou510180，China Correspondauthor：FengZhiqiang，Email：fengzqge@163.com 【Abstract】 Objective Toinvestigatethegenesrelatedtopathogenesisofcongenitalhypertrophic pyloricstenosis （CHPS）throughgenome wideassociationstudy （GWAS）. Methods Thirty oneCHPS childrenandtheirparentswhovisitedGuangzhouFirstMunicipalPeoplesHospitalbetweenAugust2006 andOctober2010wereincludedinthisstudy.AllenrolledsubjectswereofHanethnicity.Twentythreetrios ofCHPSchildrenandtheirparentsreceivedgenomewidescanusingAffymetrixGencChip? GenomeWide Human SNP 6.0 array. Single nucleotide p