系统发生分析程序MrBayes3．1使用方法介绍王勇1，陈克平2’，姚勤2.pdfVIP

安徽农业科学。Journal of Anhui Ag,i．SCi．2009。37{33)：16665—16669 责任编辑王森责任校对况玲玲 系统发生分析程序MrBayes 3．1使用方法介绍 王勇1，陈克平2’，姚勤2 (1．江苏大学食品与生物T程学院，江苏镇江212013；2．江苏大学生命科学研究院，江苏镇江212013) 摘要在介绍MrBayes 3．1程序基本特点以及Nexus文件准备的基础上。选取普通DNA序列、普通蛋白质序列、舍编码区域的DNA序 列、mRNA序列以及混合型数据文件为例分别介绍了MrBayes 3．1程序的基本使用方法，为初学者正确使用该程序提供了操作指南，同 时为深入学习与掌握该程序的特殊用途打好基础。 关键词 系统发生分析；贝叶斯推法；MrBayes 3．1；使用方法 中图分类号TP311 文献标识码A 文章编号0517—6611(2009)33—16665—05 An Introduction to the Operation Method of Phylogenetic Analysis Program MrBayes 3．1 啊ANG Yong et al(School of Food and Biological Engineering，Jiangsu University，Zhenjiang，Jiangsu 212013) Abstract After giving a brief introduction to the characteristics of MrBayes 3．1 program and the preparation of Nexus files，the basic operat- ing methods of MrBayes 3．1 program were introduced by taking collullon DNA sequences，cOmlTIOH protein sequences，DNA sequences with coding regions．mRNA sequences and mixed data file酗examples．Thi8 article provided an operating guidance for primary users to rtul the program correctly．Meanwhile，it constituted the necessary preparatory operations for further study and mastery of specific applications of the program- Key words Phylogenefie analysis；Bayesian inference；MrBayes 3．1：Operating method 近年来，系统发生分析(phylogenetic analysis)在探讨不 同生物核酸序列、蛋白质序列以及形态特征数据之间的进化 关系上发挥了重要作用。为了对这种进化关系做出较为准 确的判断，通常需要使用不同的分析方法对相同的序列数据 进行分析。其中，不同分析方法主要体现在系统发生分析程 序中所采用的算法。迄今为止，得到广泛应用的算法有3 种，即邻近归并法(neighbor joining，NJ)、最大简约法(maxi— mum parsimony，MP)和最大似然法(maximulll likelihood， ML)?。PAUP(phylogenetic analysis using parsimony，用简约 法做系统发生分析)软件能够使用这3种算法对核酸与蛋白 质序列进行系统发生分析，得到的分析结果较为可靠，是国 内外大多数科技期刊指定使用的系统发生分析软件睢】。然 而，PAUP软件不能对形态学数据进行分析，使其在应用上受 到了一定的限制。MrBayes 3．1是基于ML算法和贝叶斯推 理法(Bayesian inference，BI)的系统发生分析程序，其突出的 优点是可以对数据进行分隔，能同时将核酸序列、蛋白质序 列以及形态学观察结果整合到数据文件中，从而得出综合分 析结果p。1。然而，MrBayes 3．1是一个DOS版本的程序，使 用时需要自己输入命令语句来设定运算参数、执行运算指令 以及检查运算结果，给初学者带来较大的困扰。为此，笔者 通过研读该程序的使用手册(从http：／／mrbayes．csit．fsu． edu／manual．php免费下载)和有关文献一1，并结合自身使用 过程巾的体会，对该程序的基本使用方法作出如下介绍。 1 MrBayes 3．1程序的基本特点 MrBayes 3．1程序所