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1. 原核基因组与真核基因组(prokaryotic genomes and eukaryotic genomes)
大小(size)
基因结构(gene structure: continuous coding sequences, split genes)
非编码序列(non-coding sequences: repeated sequences, introns)
细胞器基因组(organelle genomes: mitochondrial genomes, chloroplast genomes)
(部分基础概念见手写版笔记:
基因组,染色体组,分类及各类英文名称,C值佯谬,大小单位)
Size:
原核生物的genome size一般都比较小,且变化范围也不大(最大/最小约为20)。由于原核生物基因组中的非基因DNA(non-genic DNA)的含量较少,因此它们的基因组大小与其所。、含的基因数目是相对应的;
真核生物的genome size一般要比原核生物的大很多,且变化范围也很大
Structure:
类核基因组:环状,较小;通常由单拷贝或低拷贝(low-copy)的DNA序列组成;基因排列紧密,较少非编码序列 —— “streamlined”
核基因组:多线状;大小一般要比类核基因组大好几个数量级,且变化范围很大;有大量的非编码序列(重复序列、内含子等)
Non-coding sequences:
非编码序列(non-coding sequences)
⑴非编码的重复序列(核基因组)
局部分布的重复序列(localized repeated sequences):
串联式(tandem)的高度重复序列(highly repeated sequences):重复单位的长度从几bp到 几百bp,可重复几十万次或更多,常见于着丝粒、端粒和异染色质区域;
散布的重复序列(dispersed repeated sequences):
短的散布式重复序列(short interspersed elements, SINEs):500 bp以下,可重复105次或更多,很多SINEs都是反转录转座子(retroposon)
长的散布式重复序列(long interspersed elements, LINEs):5 kb以上,可重复104次或更多,很多LINEs也是与反转录转座子相关的序列
⑵内含子(intron):I 类(group I intron);II 类(group II intron);III 类(group III intron);核mRNA内含子(nuclear mRNA intron),即剪接体内含子(spliceosomal intron);核tRNA内含子(nuclear tRNA intron);古细菌内含子(archaebacterial intron)
organelle genomes:
线粒体基因组:在不同类型的生物(多细胞动物、高等植物、原生动物、藻类、真菌)中变化很大。多细胞动物:细小、致密,没有或很少非编码序列;高等植物:复杂、不均一,比动物的大得多;原生动物、藻类、真菌:或偏向于动物型,或偏向于植物型,但又有其各自的独特之处
叶绿体基因组:比较均一,85 ~ 292 kb(大部分都在120 ~ 160 kb之内)
2. 转录(transcription)
(1)RNA聚合酶(RNA polymerase)
原核生物:1种,全酶(holoenzyme)由核心酶与?亚基组成,?亚基的作用
真核生物:3种,由多个亚基组成
Polymerase I: large rRNA precursor
Polymerase II: mRNA precursors, snRNAs
Polymerase III: tRNA precursors, 5S rRNA precursor, U6, etc.
1. 转录机器(装置)(transcription apparatus)
(1)RNA聚合酶(RNA polymerase)
细菌RNA聚合酶
a(40 kD)
b(155 kD), b‘(160 kD)
s(32 ~ 90 kD)
E. coli RNA聚合酶
核心酶(core enzyme):b, b‘,2 a
全酶(holoenzyme): b, b‘,2 a,s
s: specificity factor
真核生物的RNA聚合酶
⑴RNA聚合酶I(polymerase I):位于核仁
RNA聚合酶II (polymerase II):位于核质
RNA聚合酶III (polymerase III):位于核质
三种RNA聚合酶对转录抑制剂的反应
a-鹅膏蕈碱( a-amanitin):抑制polym
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