分子动力学合编.ppt

分子动力学方法;Outline;分子动力学方法;计算机模拟方法—分子动力学方法;...everything that living things do can be understood in terms of the jigglings and wigglings of atoms. Richard Feynman;;分子动力学方法分类;Solving the equations of motion numerically;Solving the equations of motion numerically;Verlet 算法;;Velocity Verlet Algorithm;May 2001; 在分子动力学模拟计算中，时间步长h 的选取是很重要的。 为了减小误差，时间步长 h 必须取小些，但如果太小，趋于平 衡所需要的时间就越长。因此，为了更快的趋于平衡，h 又应 该取得大些，即让粒子在相空间的步伐大一点。 一般时间选为1fs Adjust to get energy conservation to 1% of kinetic energy.;May 2001;分子动力学程序流程图 有关问题 1、初始条件 a) 位置 b) 速度 2、时间步长的选取 3、如何计算作用力 4、如何判断体系已稳定