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Mini-Review 小型综述
微生物学报 Acta Microbiologica Sinica
48(5)：701~706; 4 May 2008
ISSN 0001-6209; CN11-1995/Q
促旋酶(gyrase) B 亚单位基因 gyrB 在鉴别细菌近缘种中的应用
李献梅, 王小芬, 杨洪岩, 高秀芝, 崔宗均*
(中国农业大学农学与生物技术学院, 中国农业大学生物质工程中心, 北京 100094)
摘要：单拷贝的 gyrB 是普遍存在于细菌中编码促旋酶 B 亚单位的基因，该基因进化速率快，每 100
万年的平均碱基替换率为 0.7%~0.8%。研究证明，该区段基因能对假单胞菌、芽孢杆菌、弧菌、肠
杆菌、分枝杆菌、气单胞菌、乳酸菌等不同属或科内的近缘种进行区分鉴定，还可通过设计种特异
性引物进行定量 PCR 或者限制性片段分析，同时也能结合变性梯度凝胶电泳技术（DGGE）追踪微
生物的动态。gyrB 基因弥补了非蛋白编码基因 16S rDNA 或者基因间隔序列(ITS)DNA 无法区分近缘
种的缺陷，给近缘种的鉴别或者其群体指纹图谱的分析带来了新的希望，为当前国内外用于近缘种
研究的热点，是细菌系统发育分析上非常值得重视的新靶标。
关键词：促旋酶；gyrB；近缘种；系统发育
中图分类号：Q936 文献标识码：A 文章编号：0001-6209 (2008) 05-0701-06
素有“细菌化石”之称的 16S rDNA 是编码原核 记可以弥补 16S rDNA 的这些缺陷[7]，其中编码促旋
生物核糖体小亚基 rRNA（16S rRNA）的基因，长度 酶的 gyrB 基因正逐渐成为研究者欢迎的近缘种鉴别
约为(1550 ±200) bp 。其序列包含 10 个可变区 新靶标。
（variable region）和 11 个恒定区（constant region）， 该基因由 Yamamoto 等 1995 年第一次应用于假
可变区因细菌而异，变异程度与细菌的系统发育密切 单胞菌近缘种的鉴别 [8]，此后的研究证明，该基因能
相关[1,2]。该基因序列几乎可以对所有的细菌进行属 够区分出大部分细菌的近缘种，将成为鉴别近缘种的
水平上的鉴定[3]，是细菌分类学研究中最常用、最有 重要有效靶标。本文就该基因在 10 类细菌的系统分
用的“分子钟”。多年来，以 PCR 为基础、该区段为 类与鉴定、定量和动态分析中的应用进行了阐述和探
靶标的诸如（T）DGGE、LH-PCR、cPCR、SSCP、 讨，介绍了其作为指纹基因的有效性，以期为提高微
ARDRA、AFLP、RFLP、FISH 以及 T-RFL P [4]等的现 生物分类和检测的准确性提供参考依据。
代分子生物学技术的发展与应用，更加方便了对细菌
1 促旋酶(gyrase)B 亚单位基因-gyrB
的分类鉴定及环境中菌群的动态分析。然而，由于 16S
rDNA 的高度保守性，对相似率极高的近缘种无法做 细菌 DNA 促旋酶(gyrase)由两个亚单位组成：
进一步区分[5]，也就难以设计出定量分析的种特异性
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