蛋白质与酶学教学 第六章 酶的作用机制.pptVIP

第六章 酶的作用机制;第一节 酶催化的化学机制 一、酸碱催化 酸(或碱)可以通过暂时提供（或接受）一个质子以稳定过渡态达到催化反应的目的。如酮与醇的异构化反应十分缓慢，若加入酸或碱催化剂，可使反应大大加快。 酶分子中氨基酸侧链具有质子供体和受体的功能，所以推测酸碱催化在酶分子中起了重要作用。;;;二、共价催化 所谓共价催化是通过催化剂与底物的共价键结合，形成过渡态来加速反应，如伯胺催化的乙酰乙酸脱羧过程。;;共价催化具有亲核、亲电过程。 1．催化剂和底物进行亲核反应形成共价键。 2．在通过同一催化剂进行亲电催化，从反应中心吸收电子。 三、多元催化 酶的多元催化通常是几个基元反应协同作用的结果，如胰凝乳蛋白酶中Ser195作为亲核基团进行亲核催化反应，而His57侧链基团则起碱催化作用。羧肽酶水解底物时，亲核基团Glu270，或是由Glu270所激活的水分子，而Tyr248则起广义酸的作用。;四、金属离子催化 金属离子通常以下面几种方式参与催化作用：与底物结合，使其在反应中正确定向；通过金属离子氧化态的变化进行氧化还原反应；通过静电作用稳定或掩蔽负电荷。 五、微观可逆原理 在研究酶的动力学和作用机制时，常要用到这一原理检查提出的历程是否合理。一种提法为正反应方向最可能产生的过渡态也是逆反应最可能生成的过渡态。或者说正反应沿着某一最可能的途径进行反应，那么逆反应最可能的途径是它的逆转。;第二节 酶催化的专一性与高效性 一、过渡态和活化能 化学反应能量曲线显示从反应物到产物必须克服的能障（△G）。能荷的最高点为反应的过渡态，这是一个原子排列极不稳定的状态——化学键不断地合成和断裂，这一状态目前还无法用实验检测。 活化能是分子间进行反应时必须取得的最低限度的能量。 ; ;问题: 过渡态=中间物 ？;过渡态和中间物是两个不同的概念。 中间态较过渡态稳定，甚至可以分离纯化和测定，半衰期大于10-14s。 有中间物存在的反应具有两个过渡态，第一个用于形成中间物，第二个用于转化成产物。 由于中间物形成产物或返回底物需要的能量较小，因此它处于亚稳态结构。一些非常不稳定的中间物与过渡态图谱非常相似。;;二、酶和底物的结合作用 ES复合物中底物在酶的活性中心的定向极大地增加了酶促反应速度，ES转化为ES*要的能量低于非酶反应中S转变为所需要的能量。 所以底物与酶必须弱结合，否则所需要的能量几乎相当于S→S*所需要的能量。;;三、邻近和定向效应 当一个反应发生时，其反应物分子之间并不是相互靠近以后在任何方向上都可以发生反应，必须有一定的空间定向关系。相互反应的原子沿一轨道接近时，偏离最佳方向哪怕小于1也会明显降低反应活性。;;;;;四、底物的形变和酶的诱导契合模型 底物与酶专一性结合以后很可能发生形变、扭曲，使其几何和静电结构更接近于过渡态，降低了反应的活化自由能，使反应速度大为增加。 有人认为应力是为了稳定反应的过渡态而产生的，并不是使底物分子本身不稳定。换言之，与正常的底物构型比较，酶与过渡态底物结合更合适。因此，在几何和静电结构上类似于过渡态的化合物较一般底物与酶分子结合更紧密。;;;五、微环境的影响 溶剂的性质对有机反应速度影响很大。如二甲亚砜和二甲基甲酰胺等溶剂，不能溶于负离子，特别适合于亲核取代反应。 如下列反应在二甲亚砜中比水中快12000倍。;;第三节酶的活性部位柔性的假说 在酶蛋白与底物结合并起催化作用的区域，称为酶的活性部位。活性部位通常由酶分子中的残基侧链活性基团及辅基构成，一般位于酶分子的凹槽或两结构域（或两瓣）的结合处。 酶蛋白的独特三维空间结构赋予酶催化反应的高效性和专一性，同时又具有可调节性。根据Koshland提出的诱导契合学说，酶蛋白与底物结合并不是底物与活性部位的密切互补匹配，而是在底物诱导下酶分子发生一定程度的构象变化，酶与底物发生互补契合。;构成蛋白质二级结构单位，如α—螺旋、β—折叠和转角等是相对刚性的，它们是稳定蛋白质空间结构的基础。而一定量的环和无规卷曲构成的局部区域相对比较柔性。某些较长的氨基酸侧链，如Lys也有一定的柔性，能不断进行分子内运动。从结构学和动态学角度分析，可以认为蛋白质（酶）分子具有刚柔相间的空间结构。;一、酶的活性丧失和整体构象变化的关系 变性剂（盐酸胍、尿素、温度和pH等），会破坏酶蛋白的次级作用力，导致酶结构的松散，此过程称为去折叠；同时酶的活性也随之丧失，称为变性。越来越多的实验证据表明，在平衡态去折叠过程中，使酶活性丧失的变性剂浓度往往比酶蛋白整体构象变化所需的变性剂浓度低。;;;二、酶活性部位的柔性 我国科学家邹承鲁首次提出酶活性部位柔性的假说。该学术观点不断地被国际学术界同行所接受。 天然状态的酶具有完整的三维空间结构，其中活性部位跟其他结构部位相比，具有极大的柔性。