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正在研发新的细菌噬菌体技术来为细菌感染创造快速检测 By: Drew Smith 所有接触过基础生物课程的人都熟悉细菌噬菌体（感染细菌的病毒）在现代生物学发展中所起到的作用。作为最简单的生命形态，细菌噬菌体特别易于研究和处理。二十世纪生物学最深刻的见解（如DNA作为基因材料的建立，基因的属性和基因编码，基因转换工作）中大部分都是通过聪明但技术含量低的实验得出的，而这些实验进行都是采用的噬菌体生物学。 这种生物学的本质是：如果给噬菌体提供一个寄主和生长媒介，其数量会在短时间内迅速由几个变为数亿个，且不会对寄主或噬菌体毒性造成任何破坏。大量自然扩增的能力使得噬菌体生长成为今后生物发展过程中一个很好的代中间物质。 噬菌体现在仍是生物科技有用酶的来源，并为生物工程和纳米技术的发展提供了基质。但上一个世纪，随着生物关注点向更复杂水平的转向、富裕国家医学对富贵病治疗的关注，噬菌体对科学和医学的作用被削弱了。像噬菌体自身一样，噬菌体技术发展取决于细菌。当做出细菌疾病可被忽略的决定时，细菌噬菌体也开始被忽略。 细菌性疾病正卷土重来以及在抗生素发展速度缓慢的同时抗生素耐药性正在迅速扩展的情况已不再是什么秘密。随着细菌威胁的加剧，利用更好的工具对细菌进行识别和分类从而给予患者更好治疗的需求也在不断增加[1]。现在开发的噬菌体型细菌诊断能够为医生提供准确、可行信息，而同时还能保持与噬菌体技术相关的低成本、操作简单的特征。 尽可能给予适当抗生素治疗一直都是成功治疗严重性细菌感染疾病的关键[2]。五十年前做到这些是很容易的。但最近美国的一项研究显示：今天患者接受合适抗生素治疗的机会就跟“掷硬币一样”[3]。出现这种现象的原因不难理解：临床上重要细菌的所有菌株几乎至少对一种抗生素有耐药性。 经验治疗（也被称为猜测治疗）将持续导致抗生素的错误选择。选择正确的治疗需要进行抗生素敏感性测试。但目前用来鉴别细菌和检测抗生素敏感性的方法都太慢（通常花费三天才能得出结果）或对资源有限的实验室预算来说费用太高，或者是太复杂（尤其是对那些专家有限的社区医院）。结果是，经常不对患者进行抗生素敏感性测试或直接忽略该测试，因为等到获得检测结果时患者已经好转（或死亡）。 聚合酶链反应（PCR）的分子诊断技术和等温扩增技术在过去十年内已经获得了相当大的进展，而且现在也变得越来越快速、便宜和简单。有充分的理由让我们相信这些趋势将会继续保持。分子技术是或者应该是物种鉴别的金标准。毕竟，该技术是能很好定义微生物种类的一个基因序列。已很好运行的分子检测技术将不可能在速度和物种鉴别准确性方面被超越。 但是，物种种类仅是治疗细菌感染疾病所需诊断信息中的一半（有人辩论说不足一半）。一种有效的治疗很大程度上取决于鉴别感染物质对哪种抗生素敏感。虽然没有物种鉴别的情况下进行有效治疗是有可能的，但只有物种信息的情况对制定有效治疗来说是不足够的。 噬菌体生物学提示了噬菌体适合用于检测细菌抗生素敏感性和耐药性的原因（见图1）。噬菌体是寄生生物，生长和繁殖完全取决于他们细菌寄主。所有能杀死寄主或停止寄主新陈代谢的物质（如抗生素）必定要阻止噬菌体的生长。需要牢记的一点是这种阻止效果是途径或基因独立型。由此噬菌体技术可为检测抗生素敏感性的方法（普遍的或未知的）提供一个基础，且不需要假定潜能的抵抗机制。 图1 噬菌体生命循环。顶端：细菌噬菌体扫描细菌表面。如果发现适合的受体，噬菌体DNA（或RNA）就会注入。中间：寄主染色体被破坏，核糖体与噬菌体mRNA重组，噬菌体DNA复制开始，且噬菌体蛋白质开始组装。底部：寄主细胞壁退化，释放出成熟的噬菌体颗粒。 然后，大体上，噬菌体技术能够为快速、简单和准确细菌诊断大范围感染性疾病的研发提供一个平台。历史上，已经有两种方法采用噬菌体作为诊断试剂：标记跟踪噬菌体或让噬菌体表达类似荧光素酶的标记物，或检测噬菌体扩增本身[4]。第一种方法有高分析敏感性的优点，带来的是能对单一细胞检测的测试。不过， 仅仅报告初始结合或基因表达的情况会丢失一些特异性。此外，标记步骤也增加了生产制造的复杂性。因为这些因素的存在，噬菌体标记方法没有在商业可获得的检测中施行。 将噬菌体扩增作为细菌存在的一个中间标志物进行检测的方法获得了进一步的发展，本文将会更详细地对其进行描述。已有两种噬菌体型检测获得了商业开发：BioTec Ltd.用于肺结核（TB）检测的FastPlaque检测和MicroPhage Inc.用于对血液感染物进行检测和分类的MRSA/MSSA 血培养检测。 肺结核诊断 鉴别出结核分枝杆菌感染是细菌诊断面临的最大挑战问题中的一个。样本类型（痰液）也是有名的一个很难处理的问题，阳性样本中细菌的数量可能是很小的，且在五天或更多的双倍时间内，微生物生长地非常慢。富有国家的临床因已经开发了可靠