热带爪蟾bHLH转录因子鉴定与进化分析.PDFVIP

HEREDITAS (Beijing) 2012 年 1 月, 34(1): 59―71 ISSN 0253-9772 研究报告 DOI: 10.3724/SP.J.1005.2012.00059 热带爪蟾 bHLH 转录因子鉴定与进化分析 刘武艺 1, 2 1. 阜阳师范学院生命科学学院, 阜阳 236041; 2. 阜阳师范学院科研处, 阜阳 236041 摘要: 爪蟾是重要的生物医学模式动物。文章根据 NCBI 公布的热带爪蟾(Xenopus tropicalis)基因组数据, 利用 生物信息学方法提取和鉴定了爪蟾全基因组范围的碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)基因信息, 应用系统发生方法进行 分类并做基因本体论(Gene Ontology, GO)功能富集分布分析, 以期从整体上探讨爪蟾 bHLH 转录因子基因家族 的分类及功能。结果表明, 在热带爪蟾基因组数据库中发现了 70 个 bHLH 转录因子, 其中 69 个可以分别归到 6 大组(A~F)的 34 个亚家族中, 另一个为“孤儿因子”(Orphan)基因。GO 富集分布统计发现有 51 个显著富集 分布的 GO 注释语句, 其中转录调控活性、转录调控、DNA 结合、RNA 代谢过程调控、DNA 依赖的转录调控、 转录和转录因子活性等出现频率很高, 表明这些 GO 术语是爪蟾 bHLH 基因最常见的功能; 许多 bHLH 转录因 子在一些重要的发育或生理过程中发挥调控作用, 如肌肉组织和器官(横纹肌、骨骼肌、眼部和咽部肌肉)的分 化和发育、消化系统发育、咽部和感觉器官的发育、碱基和核苷及核酸的代谢调控、生物合成过程调控、DNA 结合和蛋白质异聚化活性等。另外, 还有一些重要信号通路(Signaling pathway)的 GO 术语显著地富集。文章还 对 Hes 转录因子家族做了进化分析。这些结果为热带爪蟾 bHLH 基因的进一步研究打下了很好的基础。 关键词: 爪蟾; 系统发生分析; 转录因子; 基因本体论 Identification and evolutionary analysis of the Xenopus tropicalis bHLH transcription factors LIU Wu-Yi1, 2 1. Department of Biology Science, Fuyang Normal College, Fuyang 236041, China; 2. Department of Scientific Research, Fuyang Normal College, Fuyang 236041, China Abstract: Xenopus is an important model animal for biomedicine researches. In order to probe into the classification and function of the basic helix-loop-helix (bHLH) transcription factor family, we conducted a genome-wide survey and identified 70 bHLH transcription factors using the Xenopus tropicalis genome project