BHV-1gE基因编码氨基酸序列生物信息学.pdfVIP

第8卷第21期 V01．8 Nn2l 南方农业 South China A~culture 2014年7月 Ju1．2014 日 基因编码氨基酸序列生物信息学 林妙顺，陈成果，黄淑玲 (广东省中山市火炬开发区农业服务中心，528437) 摘 要 牛疱疹病毒 I型 (bovine herpesvirus-1，BHV-1)是牛的一种重要病原，可引起牛严重的呼吸道感染、结膜炎、脑 炎、产奶量下降、子宫炎、肠炎、传染性脓疱性外阴阴道炎和流产等。以GeIlBank中编号~U06934．1~BHV-1 因为材料 分析其生物信息学，以预测其蛋白主要抗原表位，有助于建立相应的实验模型。 关键词 BHV-1gE~ ；生物信息学分析；抗原表位 中图分类号：Q5 17文献标志码：A文章编号：1673—890X(2014)21—145-02 1 材料与方法 1．1 BHV-1 码蛋白氨基酸序列 以GenBank中编号为U06934．1的Bovine Herpesvirus 1 (type 1．1) FM glycoprotein gE， complete cds基因为材料。 1．2 gE的跨膜区预测 采用DAS服务器 (Cserzo M．et al，1997) (htp：／，v州w．sbc．SU．se／miklos／DAS／)，将氨基酸序 列输入工作区预测跨膜区。 1．3 gE蛋白二级结构预测 用S0PMA服务器 (Geourjon，C．et al，1995) (http：／／npsa—pbil．ibcp．fr／cgi—bin／npsa _ automat．pl? page=npsasopma．htm1)预测gE蛋白的二级结构。 1．4 gE蛋白亲水性、可及性、极性及柔韧性 参数预测 采用HoppWoods亲水性参数 (Hopp TP et al，1981)、Janin可及性参数 (Jaint，1979)、 Zimmerman~性参数 (Zimmerman J]M et al，1968) 及柔韧性参数预测 (htp：／／www．expasy．org／cgi—bin／ protscale．p1)。 1．5 gE蛋白抗原位点的预测 采用Antigenic PropensityJ][~务器 (Kolaskar AS et a1．，FEBS，276，172 1990)(htp：／www．imtech． res．in／raghava／bcepred／bcepred _ submission．htm (1) 预测其抗原位点。 2 结果 2．1 gE蛋白的跨膜区预测 采用DAs服务器gE分析， 蛋白跨膜域位置跨 膜区位于14-23、360—363、423—444残基位置之间。 2．2 gE蛋白二级结构预测 二级结构上 一螺旋 (I-Ih)106个占18．43％、 伸张结构 (13．片层)(Ee)119个占20．70％、p．转 角 (Tt)16个占2．78％、无规卷曲 (Cc)334个占 58．09％，B一转角趋向于突出到蛋白表面，在多肽 及蛋白中易作识别位点。 2。3 gE蛋白亲水性、可及-陛、极性及柔韧性 参数预测 采用Janin可及性参数、Zimmerman~性参数、 HoppWoods亲水性参数对gE蛋白预测，gE蛋白 Janin可及性参数在第427．440个残基达到最大值， gE蛋白HoppWoods亲水性参数422～430个残基达 到最大值 2．4 gE蛋白抗原位点的预测 采用Antigenic Propensity服务器预测gE蛋白抗 原位点结果如下 (下划线区域都是该蛋白质的潜在 抗原表位)。 MQPTAPP A TETPGSASVDTVFTARAGAP 基LP!理 A ARPDVRA CFTDVALD AACLRTARVAPLAIAELAERPDSTGDKEFVLADP HVSAQLGRNATGVL G DAGDEETQLALTLQVATAGAQGAARDEEREPATG PTPGPPPHRTTTRAPPRRHGA跹 l ￡ S [ 至￡ G旦SEL山墨 QSEFFDEAPFSASIDWYFLRTAGDC ALIR IYE工 IEHPEAPACLHPADAQCSFASPYRSET S玉 EQ pPAGRWPHECEGAAYAAPVAHL RPA Dl工 rj APA A A S 1 [ E Q [ GHVE AW DYSIⅣVTSDRIⅣR AVTDHTRPEAAAADAPEP 收稿日期：2o14一o7—04 GPPLTSEPAGAPTGPA~ GLAGLVGIA 作者简介：林妙颇(1981一)，女，广东中山人，犬专，助理兽医师， ALAVRVCARRASQKRTYDILNPF．~ E 从事动植物检验检测方面的研究。 145 林妙顺