基因组学 课件 8.比较基.pptVIP

* 模式生物比较基因组研究特点 同线( synteny) 连锁的同源基因在不同物种基因组中有相同连锁关系。 生物体的复杂性一般表现在“生物学”的复杂性，与基因组的C 值大小及基因数量未必一定呈线性关系。 * * 模式生物基因组的研究 尿殖道支原体是已知最小的基因组0.58Mb ，由此可能确定能自我复制的细胞必需的一套最少的核心基因。 流感嗜血杆菌的基因组为1.83Mb 基因组大小影响了基因数目还是基因尺度？ * * 模式生物基因组的研究 流感嗜血杆菌基因大小平均900 bp，尿殖道支原体的基因为1040bp，基因大小差不多； 流感嗜血杆菌中平均1042 bp 有1个基因，尿殖道支原体中平均1235 bp 有1个基因。 可见基因组尺度减小并不引起基因密度的增加和基因尺寸的减小。 二者差别在于基因数量上，流感嗜血杆菌基因组有1743个ORF，尿殖道支原体只有470个ORF。 * * 模式生物基因组的研究 通过对尿殖道支原体与流感嗜血杆菌这两个亲缘关系较远的生物基因组的比较，选取其共同的基因（共240个），再加上一些其他基因，最后组成一套含256个基因的最小基因组。 * * 最简单的真核生物--酿酒酵母基因组 基因组为12,068 kb，比单细胞的原核生物和古细菌大一个数量级。 共有5887个ORF，比原核生物和古细菌要多很多。 酿酒酵母的基因密度为1个基因/2kb，密度小于流感嗜血杆菌和尿殖道支原体。 酿酒酵母--最小的真核基因组，裂殖酵母其次（密度是1/2.3kb），简单多细胞生物线虫的基因密度为1/30kb。 酿酒酵母只有4%的编码基因有内含子，而裂殖酵母有40%编码基因有内含子。 * * 人类基因组的一个片段 * * * * 人类染色体组型 上图显示的是经姬母萨染色后的G带模式图，染色体号在染色体结构下面标注，带号在左边。 * * * * 人类基因组基因的三条推测依据 1. 根据已测定大片段DNA中ORF的比例；2. CpG island的个数（56%的已知基因5都与CpG相连，而人基因组中有45000个Islands）3. ESTs ? 已经报道的是第22染色体和第21染色体。第21染色体全长33.65 Mb，长臂上有33.546Mb，仍有7个缺口，长约3kb，99.7%。?? The DNA sequence of human chromosome 22, Nature 402, 489-495(1999) .????? The DNA sequence of human chromosome 21, Nature 405, 311-319(2000) .? 21q上有127个已知基因，98个推测的基因59个pseudo genes。Chromosome22中有545个编码基因第21+22染色体共占2%的人类总DNA，共有77%基因?????? Nature，406，151-157 * * 　模式生物基因组研究对人类基因组研究的促进作用 1 利用基因序列上的同源性克隆人类疾病基因 当人类cDNA 与已知功能的模式生物基因高度相关，当该表型的候选基因定位于与cDNA 相同的位置上，就有助于识别该基因。 * * 模式生物基因组研究对人类基因组研究的促进作用 2 模式生物基因组研究揭示了人类疾病基因的功能。 由于某些模式生物基因的功能已知,这就对人类疾病基因的功能研究有很大的促进作用。这一跨种关系使模式生物基因的有效功能数据立刻用于研究它的高等生物的同源体。 * * 模式生物基因组研究对人类基因组研究的促进作用 3 充分利用模式生物实验系统上的优越性 模式生物实验上的优越性成为人类疾病状态下分子机制的阐明和基因功能分析的有效手段。 以酵母为例，它就是一个很好的实验系统。 * * 以酵母为例 首先它是一个单细胞，可以在特定的培养基上生长，这样就可能完全控制其化学和物理环境。 其次酵母的生命周期也很适合被用来作遗传分析，有可能构建一套16 条染色体单倍型的详尽的图谱。 第三，现今的技术可以将其6000 个基因中的任何一个用突变的等位基因替代或准确地从基因组中缺失。 * * 模式生物基因组研究对人类基因组研究的促进作用 4 比较基因组作图在人类基因组研究中的应用。 应用之一是使连锁信息和基因组资源从作图较为详尽的物种转移到作图不完善的物种。例如：通过定位一套在哺乳动物中进化上保守的位点，把这些保守位点作为出发点，使连锁信息从人、鼠等物种扩展到牛、猪、羊等物种,以促进基因组研究。 * * 模式生物基因组研究对人类基因组研究的促进作用