Blast2GO A Comprehensive Suite for Functional Analysis in Plant Genomics英文文献资料.docVIP

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HindawiPublishingCorporation InternationalJournalofPlantGenomics Volume2008,ArticleID619832,12pages doi:10.1155/2008/619832 ResourceReview Blast2GO:AComprehensiveSuiteforFunctionalAnalysisin PlantGenomics AnaConesaandStefanGo¨tz BioinformaticsDepartment,CentrodeInvestigaci′onPr′?ncipeFelipe,4012Valencia,Spain CorrespondenceshouldbeaddressedtoAnaConesa,aconesa@cipf.es Received5October2007;Accepted26November2007 RecommendedbyChunguangDu Functionalannotationofnovelsequencedataisaprimaryrequirementfortheutilizationoffunctionalgenomicsapproachesin plantresearch.Inthispaper,wedescribetheBlast2GOsuiteasacomprehensivebioinformaticstoolforfunctionalannotation ofsequencesanddataminingontheresultingannotations,primarilybasedonthegeneontology(GO)vocabulary.Blast2GO optimizesfunctiontransferfromhomologoussequencesthroughanelaboratealgorithmthatconsiderssimilarity,theextensionof thehomology,thedatabaseofchoice,theGOhierarchy,andthequalityoftheoriginalannotations.Thetoolincludesnumerous functionsforthevisualization,management,andstatisticalanalysisofannotationresults,includinggenesetenrichmentanalysis. TheapplicationsupportsInterPro,enzymecodes,KEGGpathways,GOdirectacyclicgraphs(DAGs),andGOSlim.Blast2GOisa suitabletoolforplantgenomicsresearchbecauseofitsversatility,easyinstallation,andfriendlyuse. Copyright?2008A.ConesaandS.G¨otz. This is an open access article distributed under the Creative Commons Attribution License,whichpermitsunrestricteduse,distribution,andreproductioninanymedium,providedtheoriginalworkisproperly cited. 1. INTRODUCTION Theuseofcontrolledvocabulariesgreatlyfacilitatestheex- changeofbiologicalknowledgeandthebene?tfromcom- putationalresourcesthatmanagethisknowledge.Thegene ontology (GO, ) [3] is proba- blythemostextensiveschemetodayforthedescriptionof geneproductfunctionsbutalsoothersystemssuchasen- zymecodes[4],KEGGpathways[5],FunCat[6],orCOG [7]arewidelyusedwithinmoleculardatabases.Manybioin- formaticstoolsandmethodshavebeendevelopedtoassist intheassignme