Numerical Modelling Of The V-J Combinations Of The T Cell Receptor TRATRD Locus 英文参考文献.docVIP

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2017-05-12 发布于上海
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Numerical Modelling Of The V-J Combinations Of The T Cell Receptor TRATRD Locus 英文参考文献

NumericalModellingOfTheV-JCombinationsOfTheT CellReceptorTRA/TRDLocus FlorenceThuderoz1.,Maria-AnaSimonet1,2.,OlivierHansen1.,NicolasPasqual2¤.,Aure′lieDariz2,3 , ThierryPascalBaum1,VivienHierle2,JacquesDemongeot1*,PatriceNoe¨lMarche2,3*,EvelyneJouvin- Marche2,3 1CNRS, Laboratoire TIMC-IMAG, UMR 5525, Grenoble, France, 2INSERM, Institut Albert Bonniot, Grenoble, France, 3Universite′ Joseph Fourier-Grenoble I, Faculte′ de Me′decine,Grenoble,France Abstract T-CellantigenReceptor(TR)repertoireisgeneratedthroughrearrangementsofVandJgenesencodingaandbchains.The quantificationandfrequencyforeveryV-Jcombinationduringontogenyanddevelopmentoftheimmunesystemremain to be precisely established. We have addressed this issue by building a model able to account for Va-Ja gene rearrangementsduringthymusdevelopmentofmice.SowedevelopedanumericalmodelonthewholeTRA/TRDlocus, based on experimental data, to estimate how Va and Ja genes become accessible to rearrangements. The progressive openingofthelocustoV-Jgenerecombinationsismodeledthroughwindowsofaccessibilityofdifferentsizesandwith differentspeedsofprogression.Furthermore,thepossibilityofsuccessivesecondaryV-Jrearrangementswasincludedin the modelling. The model points out some unbalanced V-J associations resulting from a preferential access to gene rearrangements andfrom anon-uniform partition of theaccessibility of theJ genes, depending on theirlocation in the locus.Themodelshowsthat3to4successiverearrangementsaresufficienttoexplaintheuseofalltheVandJgenesofthe locus. Finally, the model provides information on both the kinetics of rearrangements and frequencies of each V-J associations.ThemodelaccountsfortheessentialfeaturesoftheobservedrearrangementsontheTRA/TRDlocusandmay provideareferencefortherepertoireoftheV-Jcombinatorialdiversity. Citation:ThuderozF,SimonetM-A,HansenO,PasqualN,DarizA,etal.(2010)NumericalModellingOfTheV-JCombinationsOfTheTCellReceptorTRA/TRD Locus.PLoSComputBiol6(2):e1000682.doi:10.1371/journal.pcbi.10006