日本七鳃鳗(Lampetra japonica)肝脏ESTs分析与比较转录组研究.pdfVIP

中因科学 C 辑:生命科学 2007 年第37 卷第6 期: 609-619 @ZftifZA 日本七鲍馒(Lampetrajaponicα)肝脏ESTs 分析与比较转录组研究 朱丽娜。戴雅丽② 马 飞① 李庆伟①* (①辽宁师范大学生命科学学院，大连 116029; ②安徽农业大学生命科学学院，合肥 230036) 摘要 1 ， 以日本七鲤、鳝(Lampetra japonica)肝脏为材料构建 cDNA 文库，在文库中随机挑选克隆 子进行测序共得到 10077 条有效ESTs(expressed sequence tags)序列. ESTs 序列分析显示， 8515 条 ESTs 拼成 648 条片段重叠群，共得到 2210 条转录本，其中 47.06%的转录本预测为全长序列;利 用 BLAST 程序在 GenBank 数据库中进行同源性搜索发现 2053 条转录本有同源序列匹配，占总 转录本的 92.9%. 更进一步对这些基因产物进行 Gene Ontology 注释，结果发现，在日本七媳鲤肝 脏中与有锁类免疫、凝血和代谢相关的基因大景表达，并预测了 8 个新基因.通过对日本七鲸鱼曼 与底锵(Fundulus heteroclitus) 、鼠(Mus musculus) 、牛(Bos taurus)和人(Homo sapiens)肝脏转录组的 比较分析，发现日本七鲍、鲤肝脏中比其他物种优势表达的是甲壳质酶和多糖代谢等相关的基因， 这些基因可能在日本七蝇鲤免疫中发挥重要作用.此外，也利用 TargetScan 软件对日本七鲍鲤肝 脏转录组中 3UTR 区进行 microRNA 靶标识别，结果发现了与人类癌症基因调控同源的 microRNA 靶标，这为研究人类癌症提供了有益的线索.上述结果将为七费、鲤功能基因和蛋白组 学的研究以及脊椎动物的基因组进化提供重要的理论基础. 关键诩 日本七鲤鲤(lAmpetrajaponica) 肝脏 EST 转录组比较 肝脏转录组的研究，将为进…步研究脊椎动物肝脏 日本七腮鲤(Lampetra japonica)属圆口纲，七鲤 的起源和进化提供理论荔础. 鳞目，七鳞鳞科，七由思艘属，是最原始的脊椎动物类 群，是联系无脊椎动物与脊椎动物之间的重要桥梁. 由于七鲤鱼曼独特的生捕方式和形态特点，直到 19 世纪末人们对它的研究才兴趣[坷，而且主要集中 最近的考古发现，现代的七鲍鲤与 3.6 亿年前的祖先 没有太大的变化，是名副其实的活化石{ll，因此七 在比较形态学和早期脊椎动物进化等方面，例如实 验证实了七蜡蜡与有颁类脊椎动物脯部基因、H阔结构 锦艘是研究脊椎动物起源和进化的首选材料.目前， 的问源性[6气探讨了Hox 基因复制的机制[8) 肝脏作 对日本七蜡鲤的研究大多局限于形态结构、生态分布 等方面[匀，而关于基因组学和蛋白组学方面的研究则 为机体重要的代谢器官日益引起人们的重视， Savina 较少报道.罔内外现已有海七制愤肠[3) 以及日本七蜡 等人比较了七鲤鱼曼肝脏钱粒体不同时期生物能参数 艘口腔腺[4)转录姐的研究报道，但尚未见最大的消化 I例， Rotchell 等人分析了 CYPIA 酶在七制艘肝脏中的 催化模式[10) ， Gamper 等人研究了七蜡鲤产卵前肝脏 腺 肝脏的相关基因的报