系统进化树的构建方法和软件应用”.pptVIP

实例讲解 文件下载完之后，下载的Fasta 文件直接用 ClustalX 2.0.12打开 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 实例讲解 在进行多序列比对之前我们需要对软件进行一些设置 1.选择Alignment标签 2.选择Output format options 请将Clustalw sequences numbers选项设置为 On 之后点击 Ok ，在返回主界面之后请点击Alignment 标签选择 Do Complete Alignment选项 选择保存路径之后点击ok，剩下的时间可以去喝点咖啡休息一下。 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 系统进化树的构建方法与软件应用 姓名：张镜悬 E-mail：J.zhang@ Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 什么是系统进化树 系统进化树又称为演化树，是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树.在树中每个节点代表其各个分支的最近共同祖先，而节点的线段长度对应了其演化的距离。 (/wiki/Phylogenetic_tree) Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 直系同源和旁系同源 直系同源：同源的基因是由共同的祖先基因进化而产生的。 旁系同源：同源的基因是由于基因复制产生的。 这也就告诉我们用于分子进化分析中的序列必须是直系同源的才可以真实的反映其进化的过程。 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 系统进化树的分类 根据树是否有根，进化树可以分为有根树和无根树两类。 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 有根树和无根树的进化层面上的意义 有根树反应了树上物种或者基因进化的时间顺序,通过分析有根树的长度，可以了解不同的物种或者基因以什么方式和速率进化。 无根树只反映分类单元之间的距离,而不涉及谁是谁的祖先问题 做有根树需要指定outgroup。所谓out group ， 就是你所分析的东西之外的一个group。比如你分析人类的不同人种，就选个chimpanzee，你要分析哺乳动物，就选个鳄鱼乌龟之类，总之保证它在 你要分析的group之外，但又不太远就行了。将你选定的东西指定为outgroup，做出来的树就是有根树。out group可以不只一个，它是一个group。 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 系统进化树的结构 node branch 进化树的结构主要分为三部分： 树叶 树枝 节点 其中我们把从同一个节点上分出的两个分支叫做sister group. Sister group 从结构上可以理解为从进化史上看两者非常接近，其次两者拥有唯一的共同的祖先。 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 系统进化树的结构 c d b a d c b a d b c a 从结构上看，我们认为这三个树是等价的 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-20