基于沙棘转录组序列开发EST-SSR分子标记.pdfVIP

林业科学研究 ２０１７，３０（１）：６９ ７４ Ｆｏｒｅｓｔ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ＤＯＩ：１０．１３２７５／ｊ．ｃｎｋｉ．ｌｙｋｘｙｊ．２０１７．０１．００１０ 基于沙棘转录组序列开发ＥＳＴ-ＳＳＲ分子标记 李珊珊 ，曾艳飞 ，何彩云 ，张建国１ １ １ １，２ * （１．国家林业局林木培育重点实验室，中国林业科学研究院林业研究所，北京 １０００９１； ２．南京林业大学南方现代林业协调创新中心，江苏 南京 ２１００３７） 摘要：[目的]本研究通过对蒙古沙棘“向阳”品种的转录组序列进行ＳＳＲ引物开发，为沙棘亲本分析、遗传多样性和 遗传育种等研究提供支持。[方法]利用已测得的转录组序列进行分析和筛选，整理具有ＳＳＲ位点的序列，进行引 物设计，随机挑选１７９条引物进行验证。[结果]得到具有ＳＳＲ位点的ＥＳＴ序列 １７ ３８３ 条，其中，单核苷酸、二核苷 酸和三核苷酸重复基元分别占６２．７７％、２１．８２％和１３．７７％；二核苷酸重复基元类型以ＡＴ和ＡＧ为主，三核苷酸重 复基元类型以ＡＡＧ、ＡＴＣ和ＡＴＡ为主。９ ２９１ 条序列设计出扩增ＥＳＴ-ＳＳＲ位点的引物，随机合成的１７９ 对引物中， １４２对扩增成功，选取其中９２个位点的扩增产物上机检测，４０个ＳＳＲ位点（４３．４８％）呈现多态。对扩增稳定且峰图 清晰的１７个多态位点的进一步分析，得到蒙古沙棘天然群体在各位点的观测杂合度（Ｈ ）为０．０８３ ０．８７５，期望 Ｏ 杂合度（Ｈ ）为０．１８０ ０．７５０。[结论]本研究开发出的ＥＳＴ-ＳＳＲ标记，为后期进行沙棘属植物遗传多样性分析、遗 Ｅ 传图谱构建及分子育种等研究提供了重要支持。 关键词：沙棘；转录组；ＥＳＴ－ＳＳＲ；引物 中图分类号：Ｓ７１８．４６ 文献标识码：Ａ 文章编号：１００１-１４９８（２０１７）０１-００６９-０６ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆＥＳＴ-ＳＳＲ Ｍａｒｋｅｒｓ Ｂａｓｅｄ ｏｎ Ｓｅａｂｕｃｋｔｈｏｒｎ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｉｃ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ＬＩＳｈａｎ-ｓｈａｎ ，ＺＥＮＧ Ｙａｎ-ｆｅｉ ，ＨＥ Ｃａｉ-ｙｕｎ ，ＺＨＡＮＧＪｉａｎ-ｇｕｏ１ １ １ １，２ （１．Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆＴｒｅｅ Ｂｒｅｅｄｉｎｇ ａｎｄ Ｃｕｌｔｉｖａｔｉｏｎ，Ｓｔａｔｅ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ，Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆＦｏｒｅｓｔｒｙ，Ｃｈｉｎｅｓｅ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆＦｏｒｅｓｔｒｙ， Ｂｅｉｊｉｎｇ １０００９１，Ｃｈｉｎａ；２．Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｖｅ Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎ Ｃｅｎｔｅｒ ｏｆＳｕｓｔａｉｎａｂｌｅ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ ｉｎ Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｃｈｉｎａ，Ｎａｎｊｉｎｇ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ， Ｎａｎｊｉｎｇ ２１００３７，Ｊｉａｎｇｓｕ，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：[Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ]Ｔｈｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅｓ ｏｆＨｉｐｐｏｐｈａｅ ｒｈａｍｎｏｉｄｅｓ ｓｕｂｓｐ．ｍｏｎｇｏｌｉｃａ ｃｖ‘Ｘｉａｎｇｙａｎｇ’ｗｅｒｅ ａｎａ- ｌｙｚｅｄ ｔｏ ｄｅｓｉｇｎ ｐｒｉｍｅｒｓ ａｎｄ ｄｅｖｅｌｏｐ ＥＳＴ-ＳＳＲ （Ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｔａｇｓ-Ｓｉｍｐｌｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｒｅｐｅａｔ）ｍａｒｋｅｒｓ． [Ｍｅｔｈｏｄ]Ｔｈｅ ｐｒｉｍｅｒｓｗｅｒｅ ｄｅｓｉｇｎｅｄａｎｄ ｔｈｅ ＳＳＲ ｗａｓ ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｔｈｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ．１７９ ｐａｉｒｓ ｏｆ ｐｒｉｍｅｒｓｗｅｒｅ ｖａｌｉｄａｔｅｄ ｒａｎｄｏｍｌｙ．[Ｒｅｓｕｌｔ]１７ ３８３ ＳＳＲ-ＥＳＴｓ （ＳＳＲ