第7章蛋白质组分析2011.pptVIP

生物信息学 Bioinformatics 第七章 蛋白质组分析 蛋白质组和蛋白质组分析 蛋白质组分析的前期工作 分离——双向凝胶电泳 鉴定——质谱分析（肽质指纹分析*) 蛋白质组分析的后期工作 蛋白质组信息资源 蛋白质组（Proteome） 一个基因组表达产生的所有蛋白质的总体。（抽象） “complete set of proteins expressed by an organism” 在某种内在和外在条件下，一个基因组表达产生的所有蛋白质的总体。（具体） “complete set of proteins expressed by a cell or a tissue in a definitive situation” Genome,Transcriptome and Proteome  scale 抽象： 从信息量 GTP （Noncoding，有些RNA可能不翻译）； 从元素种类 GTP （可变剪接，翻译后修饰）。 具体：（G不变，T和P减小） 从信息量 GTP （一种细胞在某种条件下只表达一部分基因）； 从元素种类 G?TP。 蛋白质组的特性 整体性：不同于传统的蛋白质化学，其研究对象不是单一或少数的蛋白质，更强调整体性，从而有利于对生命活动机制的全面了解。 多态性：对于多细胞生物，组织特性不同，蛋白质组不同。 动态性：蛋白质组随外在和内在条件而变化，如E.coli随环境不同；发育，病理情况。 随着基因组测序和注释工作的逐渐深入，蛋白质组研究开始引起人们的重视…… 为什么需要蛋白质组研究 DNA和RNA水平分析的不足 基因组水平的信息； 基因是否或何时被转录； 转录产物的相对含量； 转录产物的加工； 转录产物是否或何时被翻译； 翻译产物的相对含量； 翻译产物的加工； …… 蛋白质组学（Proteomics） 蛋白质组学：对基因组表达的蛋白质进行整体性、多态性和动态性的研究，包括种类、表达量和修饰等，阐释生命过程机制。 蛋白质组学的诞生 1995年，澳大利亚的 H. Smith 与 K. William 实验室合作，对生殖道支原体——迄今已知最小的自我复制生物进行了蛋白质成分的大规模分离与鉴定，开创了“蛋白质组学”这一学科领域。 蛋白质组学的发展 蛋白质组学的研究对象已由原核生物扩展到酵母、多细胞真核生物以及人体正常组织及病理标本等，并已逐渐突破早期人们普遍认为的“蛋白质组研究只适用于基因组（测序）计划已完成的生物”的界限。 蛋白质组学的应用 生命活动的分子机制：基因产物识别、基因功能鉴定、基因调控机制分析；细胞周期、细胞分化与发育、肿瘤发生与发展、环境反应与调节、物种进化等。 医学：疾病诊断——如肿瘤恶性特异标志、人体病理介导分子，等等。 药学：新型药物靶分子…… 农林畜牧…… 蛋白质组分析和生物信息学 蛋白质组学和蛋白质组分析基本上是同一概念，都是对蛋白质组的研究。强调学科时，称蛋白质组学，而强调具体的研究时称蛋白质组分析。 蛋白质组分析是生物信息学的又一重要应用方向。 第七章 蛋白质组分析 蛋白质组和蛋白质组分析 蛋白质组分析的前期工作 分离——双向凝胶电泳 鉴定——质谱分析（肽质指纹分析*) 蛋白质组分析的后期工作 蛋白质组信息资源 蛋白质组分析：前期 双向凝胶电泳（2D-gels）* 双向凝胶电泳技术是O‘Farrell首先建立的（ O‘Farrell，1975）。他成功地分离了约1000个E.coli蛋白。此后此技术迅速发展并得以广泛应用，被证明是大规模蛋白质分离和鉴定的一种有效方法。 第一向：等电聚焦（IEF），蛋白质沿pH梯度分离，至各自的等电点； 第二向：SDS电泳，按分子量分离。 双向凝胶电泳图 2D-gels分析* 图像分析：斑点位置和密度分析（包括斑点分离、背景消减等工作）。 斑点配比：不同图像中同种斑点的识别（蛋白差异表达分析的前提） 。 聚类分析：蛋白质表达矩阵。 ——都离不开计算机，各有各的软件。 蛋白质鉴定方法和质谱技术 肽质指纹分析（Peptide-mass fingerprinting） 串联质谱（tandom Ms or Ms/Ms) 片断离子搜索（Fragment ion searching） 从头测序（De novo sequencing） …… 肽质指纹（ Peptide-mass fingerprinting） 问题： 可能出现肽质指纹相同的不同蛋白质吗？ 肽质指