第4章序列分析2011-part2.pptVIP

六框翻译（Six-frame translation） 对任意给定的一段DNA序列，不知道其读码方向（即不知其是正义链还是反义链），也不能确定其编码区是否从第一个碱基开始，则必须将其所有的读码框全部都翻译出来，即—— 先以所给DNA为模板，分别从（5’－3’）第1、2、3个碱基开始翻译，得到3种翻译结果； 再以其互补链为模板，依次从（5’－ 3’）第1、2、3个碱基开始翻译，得到另外3种翻译结果。 ORF Finder 界面，+不是表示正义链而是提交序列本身，-表示其互补序列。 生物信息学 Bioinformatics 第四章 序列分析 1.序列相似性分析 2.DNA序列特征分析 基因预测 CDS预测 概念性翻译 开放读码框（ORF） 非CDS特征预测 3. 蛋白质序列特征分析 特征域(domain and motif) 特性(physical properties) 4. EST分析 EST的概念与特性 EST序列数据库 EST序列拼接 生物信息学分析的分类 特征域 regions of proteins that share significant structural features and/or sequence identity. a variety of names: signatures, domains, modules, modular elements, folds, motifs, fingerprints, patterns, profiles, repeats…… Domains and motifs Interpro A domain (or module) is a protein region that adopt a particular three-dimensional structure. A motif (or fingerprint, or pattern) is a short conserved protein region, typically 10~20 aa not imply homology. A domain may include a small number of motifs, but a motif is not necessarily inside a domain. The most common domains Find domains by Blastp Find domains by Blastp Find domains by Blastp Find domains by Blastp 蛋白质序列模式二次数据库 模式 正则表达式： D-X-[DNS]-X(4)-{LIVMFYN} 隐马模型： PROSITE: a dictionary of motifs PROSITE: a dictionary of motifs ScanProsite ScanProsite 第四章 序列分析 1.序列相似性分析 2.DNA序列特征分析 基因预测 CDS预测 概念性翻译 开放读码框（ORF） 非CDS特征预测 3. 蛋白质序列特征分析 特征域(domain and motif) 特性(physical properties) 4. EST分析 EST的概念与特性 EST序列数据库 EST序列拼接 特性 ExPASy: tools and softwares ExPASy: tools and softwares ExPASy: tools and softwares Compute pI/Mw Compute pI/Mw ExPASy: tools and softwares NetPhos NetPhos 关于磷酸化位点的预测 A prediction algorithm may accurately specify that a protein has a consensus site for phosphorylation, but these modifications are not necessarily made in living cells and their regulation is likely to be dynamic. One can ask whether a protein has a potential site for modification, an